DCMTK、ITK、VTK读取dicom信息

DCMTK、ITK、VTK读取dicom影像数据的方法

直接上代码，调用不同的医学影像库读取dicom影像信息

1. DCMTK读取影像中的pixelData

//参数  list:为输入的图像文件名列表
bool DCMTKReadDicoms(QStringList list)
{DJDecoderRegistration::registerCodecs();DJEncoderRegistration::registerCodecs();DcmRLEEncoderRegistration::registerCodecs();DcmRLEDecoderRegistration::registerCodecs();DcmFileFormat dcmff_ ;DcmDataset *dset = dcmff_.getDataset();  DcmElement *element = nullptr;for (int i = 0; i < list.size(); i++){OFCondition result;result = dcmff_.loadFile(list.at(i).toStdString().data());    dset->chooseRepresentation(EXS_LittleEndianImplicit, nullptr);result = dset->findAndGetElement(DCM_PixelData,element);   DcmPixelData *dpix = NULL;dpix = OFstatic_cast(DcmPixelData *, element);/* 因为我们有压缩数据，所以必须利用DcmPixelSequence以便以原始格式访问，例如解压缩使用外部库*/DcmPixelSequence *dseq = NULL;E_TransferSyntax xferSyntax = EXS_Unknown;const DcmRepresentationParameter *rep = NULL;// 查找访问DCMTK中数据的正确表示所需的键 dpix->getOriginalRepresentationKey(xferSyntax, rep);// 访问原始数据表示并在像素序列内获得结果result = dpix->getEncapsulatedRepresentation(dset->getCurrentXfer(), rep, dseq);if ( result == EC_Normal )    //针对压缩数据的访问遍历{DcmPixelItem *pixitem = NULL;// 访问第一帧（跳过偏移表)dseq->getItem(pixitem, 1);if (pixitem == NULL)return 1;Uint8 *pixData = NULL;// 获取此像素项的长度（即片段，即大部分时间，帧的长度）Uint32 length = pixitem->getLength();if (length == 0)return 1;// 最后，获取此像素项的压缩数据 result = pixitem->getUint8Array(pixData);// 使用pixData执行一些有用的操作。。。（下方遍历访问了这些值）cv::Mat dst2(512, 512, CV_8UC1, cv::Scalar::all(0));unsigned short *data = nullptr;for (int i = 0; i < 512; i++){data = dst2.ptr<unsigned short>(i);   //取得每一行的头指针 也可使用dst2.at<unsigned short>(i, j) = ?for (int j = 0; j < 512; j++){unsigned short temp = pixData[i * 512 + j];qDebug() << temp;}}}else             //针对没有压缩数据的访问遍历{Uint16 *pixData16 = NULL;result = element->getUint16Array(pixData16);int slope, intercept;const char *value = nullptr;dset->findAndGetString(DCM_RescaleIntercept, value);intercept = QString::fromLatin1(value).toInt();dset->findAndGetString(DCM_RescaleSlope, value);slope = QString::fromLatin1(value).toInt();qDebug() << "intercept" << intercept<< "slope" << slope;cv::Mat dst2(512, 512, CV_16UC1, cv::Scalar::all(0));unsigned short *data = nullptr;for (int i = 0; i < 512; i++){data = dst2.ptr<unsigned short>(i);   //取得每一行的头指针 也可使用dst2.at<unsigned short>(i, j) = ?for (int j = 0; j < 512; j++){unsigned short temp = pixData16[i * 512 + j];qDebug() << temp;}}}if (result.bad())return 1;elsereturn 0;}DJDecoderRegistration::cleanup();
}

是否存在压缩影像的判别：(具体的术语还不清楚，后续补上)，可根据下方的两个示意图做初步了解

压缩影像tag信息：

未压缩影像tag信息：
通过影像浏览工具中的tagid(7FE0,0010)，即tag描述信息为Pixel Data的value是否为空并可判断影像是否被压缩。

2.VTK读取影像信息

bool VtkReadDicoms(QStringList list)
{QFileInfo info(list.at(0));vtkSmartPointer<vtkDICOMReader> reader =vtkSmartPointer<vtkDICOMReader>::New();vtkSmartPointer<vtkImageData> sliceData = vtkSmartPointer<vtkImageData>::New();reader->SetFileName(list.at(0).toStdString().c_str());reader->Update();sliceData = reader->GetOutput();qDebug() << "显示点的Dimensions" << sliceData->GetDimensions()[0] << ","<< sliceData->GetDimensions()[1] << "," << sliceData->GetDimensions()[2];qDebug() << "显示点的个数" << sliceData->GetNumberOfPoints();int nbOfComp = sliceData->GetNumberOfScalarComponents();qDebug() << "通道" << nbOfComp;for (int i = 0; i < 512; i++){data = dst2.ptr<signed short>(i);   //取得每一行的头指针 也可使用dst2.at<unsigned short>(i, j) = ?for (int j = 0; j < 512; j++){for (int k = 0; k < 1; k++){signed short *pixel =(signed short *) (sliceData->GetScalarPointer(i, j, k));qDebug() << *(pixel);}}}
}

3.ITK读取dicom图像

bool ReadDicom(const std::string &file_name,InputImageType::Pointer &image)
{typedef itk::ImageFileReader<InputImageType> ReaderType;ReaderType::Pointer reader = ReaderType::New();typedef itk::GDCMImageIO  ImageIOType;ImageIOType::Pointer gdcmImageIO = ImageIOType::New();reader->SetFileName(file_name);reader->SetImageIO( gdcmImageIO );try{reader->Update();}catch (itk::ExceptionObject &){return false;}image = reader->GetOutput();return true;
}

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