freesurfer recon-all命令

1, 过程中可以使用以下命令来调用recon-all函数来进行脑区分割。该命令使用的文件类型为 mgz, nii, nii.gz。当当前的文件格式为其它格式时，可使用命令mri_convert * *.nii来进行格式转换。

2, 该操作是十分耗时的，进行一例nii数据的脑区分割需要8小时左右，具体时间视配置有所改变。在完成分割之后，即可通过可视化软件如FreeView来进行结果查看。这里，我们的目标是使用python来获取各个脑区的Mask，首先，看一下各个脑区对应的索引，该数据保存在$FREESURFER_HOME/FreeSurferColorLUT.txt。

3，以下，我们假设保存的文件路径为bert。则，皮层下体积统计信息保存在bert/stats/aseg.stats中。统计信息包括 Index(在统计信息中的序号)，SegId(对应的脑区索引)，NVoxels(分割的体素数量)，StrutName(在LUT中的名字)，Mean/StdDev/Min/Max/Range: ROI的强度统计。

4， FreeSurfer使用了多种皮质层分割方法。使用Desikan/Killiany Atlas可分为35个脑区，数据保存在bert/label/*h.aparc.annot中。使用Destrieux Atlas时，可分割出58个脑区，保存在bert/label/*h.aparc.a2009s.annot文件中。两中方法分割的统计信息保存在bert/stats中如：h.aparc.stats和h.aparc.a2009s.stats。MRI数据分别保存为bert/mri/aparc.DKTatlas+aseg.mgz 以及bert/mri/aparc.a2009s+aseg.mgz，除此之外还有一个bert/mri/aparc+aseg.mgz。
统计信息表现为下图，StructName表示结构名，NumVert表示结构中包含的顶点数，SurfArea表示表面积，GrayVol表示灰质体积，ThickAvg/ThickStd表示结构厚度的均值与标准差，MeanCurv表示平均曲率，GausCurv表示平均高斯曲率，FoldInd表示折叠指数，CurvInd表示曲率指数。

5，最终的分割数据保存在bert/mri/aseg.mgz中，比如使用命令mri_extract_label aseg.mgz 17 53 hippo_mask.mgz可以将海马区的数据给提取出来，其中17,53分别为左右海马区。

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