linux分析mirna,利用DIANA Tools进行miRNA分析

2024-05-19 11:02:57

今天我们介绍一个数据库，这个数据库真的是研究miRNA同学的福音，我们以前介绍过很多有用的数据库，包括比较强大的mirwalk。但是，在这么多工具中，只有今天说的这个工具是小张个人五星推荐的，说实话，小张一开始是舍不得分享给大家的。

好了，不掉大家胃口了，这个工具强大到什么程度，大家看了就知道了。

大家先看看这个网站能干什么：

miRNA与靶基因；

miRNA与信号通路；

miRNA与lncRNA；

自动分析数据；

直接根据序列(新miRNA)预测靶基因；

miRNA发表相关文章；

miRNA启动子和调控因子；

分析测序数据中miRNA和转录因子的关系

是不是我们想要的功能基本都有了！而且，每个工具使用起来炒鸡简单！

今天举几个例子先看看，下次我们接着介绍这个数据库。

一. microT-CDS，预测microRNA靶基因

我们知道预测microRNA靶基因的网站太多了，像Pictar，Miranda，Targetscan等等。但是，大家看我用has-mir-125在这个网站做的预测过程：

第一步输入：hsa-mir-125

第二步：选择hsa-miR-125b-5p

然后点击箭头就好了：

不仅有miRNA与靶基因的结合位置，还有物种保守性，甚至连pubmed上有没有相关文章都能自动检索，下面的检索词是自动检索的：

二. LncBase v.2，根据miRNA预测lncRNA

这个功能我们介绍过Starbase(这么强大的网站，居然还不会用？)。进入数据库看到下面的界面：

下面我们用hsa-mir-206举例，进入数据库后看到实验和预测：

物种包括人、小鼠、大鼠等多个，搜索lncRNA的时候直接输lncRNA ID，也可以根据位置搜索，还能与实验模式转换。我们看人hsa-mir-206的预测结果：

不仅显示预测到的lncRNA，还有lncRNA与hsa-mir-206的直接结合序列，以及物种保守性和组织、细胞表达。另外预测到的lncRNA还能连接到UCSC数据库：

上面的是从miRNA预测lncRNA，下面我们看实验模块从lncRNA找miRNA：

选择后就好了，输入XLOC_000647：

不仅可以看到miRNA，还可以根据组织、细胞、实验方法、(正、负)相关性、直接还是间接作用和物种进行筛选，还可以看miRNA的相关疾病：

三、miRGen v.3：miRNA启动子和调节因子，比如转录因子

我们这次还是以hsa-mir-22为例：

不仅可以通过组织和细胞类型，启动子范围进行筛选，还显示转录因子与miRNA启动子的结合位点、位置。

四、mirpub：miRNA相关文章

还是以hsa-mir-125为例：

前面选择hsa-mir-125b-5p的步骤一样，然后就是结果了：

不仅有文章基本信息，还能根据关键词、疾病、出现位置进行筛选。

最后说明一下：大家应该发现小张举例子的时候不是用一条miRNA举例的，原因是有的miRNA在数据库里面没有收录，如果没有找到要查的miRNA也不用急，试一下别的数据库就行了。

好了，今天先介绍这四个功能，大家可能已经意识这个数据库的强大了，但今天的内容只是这个数据库的一部分，下次我们要说的会更强大：

miRNA和信号通路；

新miRNA预测靶基因；

分析自己和别人的测序数据。

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