基因数据处理118之SSW运行
更多代码请见:https://github.com/xubo245
基因数据处理系列
1.解释
SSW是一个更快的SW算法,并且提供了c语言lib和java的调用
代码:
https://github.com/mengyao/Complete-Striped-Smith-Waterman-Library
论文:
Zhao, M., et al. (2013). "SSW Library: an SIMD Smith-Waterman C/C++ library for use in genomic applications." PloS one 8(12): e82138.
2.代码:
git clone https://github.com/mengyao/Complete-Striped-Smith-Waterman-Library.git
cd Complete-Striped-Smith-Waterman-Library
cd src
make java
java -Djava.library.path=. -jar ssw.jar ssw.Example
3.结果:
xubo@xubo:~/xubo/tools/Complete-Striped-Smith-Waterman-Library/src$ java -Djava.library.path=. -jar ssw.jar ssw.Example
Aligning nucleotides
score1=21 score2=8 ref_begin1=8 ref_end1=21 read_begin1=0 read_end1=14 ref_end2=4 cigar=9M1I5M
遇到的问题:
xubo@xubo:~/xubo/tools/Complete-Striped-Smith-Waterman-Library/src$ java -jar ssw.jar -Djava.library.path=. ssw.Example
Cannot find libsswjni.so. Has the library been built and LD_LIBRARY_PATH or -Djava.library.path set appropriately?
java.lang.UnsatisfiedLinkError: no sswjni in java.library.path
Exception in thread "main" java.lang.UnsatisfiedLinkError: no sswjni in java.library.pathat java.lang.ClassLoader.loadLibrary(ClassLoader.java:1886)at java.lang.Runtime.loadLibrary0(Runtime.java:849)at java.lang.System.loadLibrary(System.java:1088)at ssw.Example.main(Example.java:12)
原因:
-Djava.library.path 应该放在-jar前面
参考
【1】https://github.com/xubo245
【4】http://blog.csdn.net/xubo245/
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