常见生物遗传密码子的简并碱基
根据密码子的兼并性,常用一个符号代替某两个或者更多碱基。例如,编译丙氨酸的可以有4个密码子:GCU\GCC\GCA\GCG,这时生物学上为了方便,用字母N指代UCAG四个碱基,故说编译丙氨酸的密码子是GCN,其中N就是简并碱基。 通常生物学上根据蛋白质序列设计引物进行对应DNA克隆时,由于密码子的兼并性,对设计的引物上的某些碱基就会用简并碱基标示,在合成时各种碱基等量分配,也就是说,合成的简并引物是很多种引物的集合,其区别就在于简并碱基。简并度:简并引物的种类数,等于该简并引物内所有简并碱基的简并个数之积,即共有多少种不同的引物,其中只有一条是真正可以和模板配对的。
这是碱基的单字母命名方法,全部的对应关系如下:
B = C or G or T
D = A or G or T
H = A or C or T
K = G or T
M = A or C
N = A or C or G or T
R = A or G
S = C or G
V = A or C or G
W = A or T
Y = C or T
简并碱基 | 正常碱基 |
---|---|
R | A/G |
Y | C/T |
M | A/C |
K | G/T |
S |
G/C |
W | A/T |
H | A/T/C |
B | G/T/C |
V | G/A/C |
D | G/A/T |
N | A/T/C/G |
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