Ubuntu 18.04及几款应用的安装

1、Ubuntu 18.04的安装

① VMware虚拟机自行下载即可；

② 在Ubuntu官网下载镜像，此处使用的Ubuntu 18.04版本；

③ 配置过程见其他链接。

2、Ubuntu 18.04磁盘分配

Terminal中键入df -lh 查看磁盘容量：

若/dev/sda1 或者其他盘容量小，可以参考这个博客进行更改。

3、Ubuntu 18.04安装Freesurfer

① 命令行中直接运行

wget https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/pub/dist/freesurfer/7.1.0/freesurfer-linux-centos6_x86_64-7.1.0.tar.gz #下载安装包

也可以去官网使用迅雷等直接下载，然后再拷贝到ubuntu中。

②解压

tar -zxv -f freesurfer-linux-centos6_x86_64-7.1.0.tar.gz #解压缩

③官网注册，得到license.txt，并将license.txt拷贝到./freesurfer目录下（也可以复制已注册的用户的license.txt）

④ 更改权限

sudo chmod -R 777 ./freesurfer #改变freesurfer的权限

⑤ 修改bashrc

vi ~/.bashrc

在~/.bashrc文件中添加以下三行

export FREESURFER_HOME=/home/mi(用户名)/freesurfer
export SUBJECTS_DIR=$FREESURFER_HOME/subjects
source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.sh

⑥ 使环境变量立即生效

source ~/.bashrc

⑦ 安装tcsh

sudo apt-get install tcsh #安装tcsh

⑧ recon-all测试

recon-all --help

测试结果：

ok !

4、Ubuntu 18.04安装FSL

① 下载FSL安装包，这里下载的是压缩版

wget http://fsl.fmrib.ox.ac.uk/fsldownloads/fsl-5.0.9-centos6_64.tar.gz

② 将下载好的安装包解压到该文件夹下

tar -zxv -f fsl-5.0.9-centos6_64.tar.gz

③ 改变fsl文件夹的权限

sudo chmod -R 777 fsl

④ 配置环境变量

vi ~/.bashrc

⑤ 在~/.bashrc文件中追加以下三行

export FSLDIR=/home/mi(用户名)/fsl
export PATH=$PATH:$FSLDIR/bin
source $FSLDIR/etc/fslconf/fsl.sh

⑥ 使环境变量立即生效

source ~/.bashrc

⑦验证是否安装成功，如果出现版本信息则说明安装成功

flirt -version

ok !

5、Ubuntu 18.04安装百度云盘

两句命令

wget http://issuecdn.baidupcs.com/issue/netdisk/LinuxGuanjia/baidunetdisk_linux_2.0.1.debsudo dpkg -i baidunetdisk_linux_2.0.1.deb

ok !

或者到百度云盘官网下载，然后手动安装。

6、Ubuntu 18.04安装搜狗

①官网下载
https://pinyin.sogou.com/linux/?r=pinyin

② 安装

7、Ubuntu 18.04与windows10共享文件夹设置

(1)更新当前软件。

sudo apt-get upgrade
sudo apt-get update
sudo apt-get dist-upgrade

(2)安装samba服务器。

sudo apt-get install samba samba-common

(3)创建一个用于分享的samba目录。

sudo mkdir /home/mi（用户名）/share

(4)给创建的这个目录设置权限

sudo chmod 777 /home/mi/share

(5)添加用户(下面的linuxidc是我的用户名，之后会需要设置samba的密码)。

sudo smbpasswd -a mi

(6)配置samba的配置文件。

sudo gedit /etc/samba/smb.conf

在配置文件smb.conf的最后添加下面的内容：

[share]
comment = share folder
browseable = yes
path = /home/mi/share
create mask = 0700
directory mask = 0700
valid users = mi
force user = mi
force group = mi
public = yes
available = yes
writable = yes

valid users = mi中的mi为我的用户名。

(7)重启samba服务器。

sudo service smbd restart

(8)Windows+R 在弹出的运行窗口中输入 \ip即可访问。如\192.168.x.x,输入samba用户名及密码访问即可看到共享，然后就可以在Linux系统与Windows系统直接进行文件共享了.

8、Ubuntu 18.04中安装MRIcron，并转换DCM文件为nii文件

下载地址：https://people.cas.sc.edu/rorden/mricron/install.html

1）下载linux环境的压缩包，然后进入所在目录输入命令：

unzip xx.zip(取决你下载的安装包的名字)

解压
2）点开解压后的文件目录，双击Mricron启动软件即可

转换DCM文件为nii文件

Import -> Convert DICOM to NIfTI

然后选择input和output就可以了。

9、Ubuntu 18.04中安装3d Slicer

官网下载 linux 版本 3D slicer :

https://download.slicer.org/

选择下载Linux版本，下载后放到linux文件夹下并解压：
tar xzvf ./Slicer-4.11.20200930-linux-amd64.tar.gz
解压完成后，双击Slicer应用即可：

10、Ubuntu 18.04中安装ITK-SNAP

官网下载：https://itk.org/download/
待补

ok !