cbioportal私有化部署

做生信分析就离不开展示生信分析的相关图，借助cbioportal可以帮忙我们去做生信相关的分析，但是cbioportal是官方平台，那么我们自己能否搭建属于自己的生信分析平台呢，答案是肯定的。下面将为大家介绍cbioportal的私有化部署教程，附带可执行包下载。

1. cbioportal介绍

1） cBioPortal提供了探索，可视化和分析多维度癌症基因组数据。
2） cbioportal提供gene水平的图形总结，支持多平台，网络可视化分析，生存分析。
3）提供了分析的工具OncoPrinter和MutationMapper

2. cbioportal指导

cbioportal的官网是：https://www.cbioportal.org/
cbioportal的github是：https://github.com/cBioPortal

3. 私有化部署包源码分析

1）我们先下载对应的docker私有部署包源码
2）官方提供的部署命令如下

3）解读init.sh的源码

意思是：依次执行config data study这3个目录下面的init.sh这个脚本
继续分析源码
4）解读config/init.sh源码

意思是：会覆盖配置文件，写入数据库的配置信息，数据库的实例是使用的docker容器内部实例。
5) 解读data/init.sh的源码

意思是：下载cgds.sql和seed-cbioportal_hg19_v2.12.8.sql.gz，放入data目录下面

6）解读study/init.sh的源码

4. 私有化部署步骤

下载csdn资源包，点这个链接
已集成基础的数据和相关的配置文件不用再执行其他额外的命令，只需要执行一个命令就行了，那就是 docker-compose up
只需执行一个docker命令
docker-compose up
当控制台出现

再访问http://ip:8080就可以实现cbiportal的私有化部署了
如果需要后台启动就执行 docker-compose up-d即可

5. oncoprinter工具介绍

访问 http://ip:8080/oncoprinter可以进入这个工具的页面，附带提供了样例的数据

点击下面的Submit按钮就可以进入分析图形界面，展示生信的分析图

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【走在生信的路上-1】cbioportal私有化部署教程