如何用Primer6批量设计引物(非全cDNA引物)
在研究某个基因或者蛋白A的表达量时,我们往往需要通过Real-time qPCR来验证或者佐证实验结果,从而对基因表达量的Fold change进行评估。Real-time qPCR的关键步骤之一是设计合适的引物,但是如果需要验证的基因过多,这项工作就会变得十分繁琐。因此,在本次专题中,小编将介绍如何批量设计引物。
1.打开含基因ID的原始文件——引物设计原始DNA信息
2.选中Gene id中的所有基因名称,复制
图1
3.打开Tbtools,依次选择Sequence Toolkits;Fasta tools;Fasta Extractor
4.将gene id粘贴到对应位置,并按上图所示将“小麦cDNA库”拖到第一个框,在第二个框设置输出文件(例子中的输出文件名为out.fa)
5.点开始提取序列(如果只需要少量基因,则可以在NCBI查找相关的cDNA序列)
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