在线作图|2分钟绘制一张精美的火山图(Volcano Plot)
火山图(volcano Plot)
火山图(Volcano Plot)形似火山喷发,是一种表示特征差异表达的散点图,它将统计测试中的统计显著性量度(如p value)和变化幅度相结合,从而能够帮助快速直观地识别那些变化幅度较大且具有统计学意义的数据点(基因等)。标准的火山图常用于展示显著差异表达的基因,差异越大的基因分布在两端。在生物信息分析中,火山图常用于转录组、基因组,蛋白质组,代谢组等统计数据。
如何在线绘制火山图?
小编和他的小伙伴们开发了一个在线的作图小网站——云图图(www.cloudtutu.com,免费的哦~),操作步骤如下:
①登录网址:https://www.cloudtutu.com/#/index(推荐使用360或者谷歌浏览器)
②输入用户名和密码(小编已经为大家填好了,如果不显示可添加文末二维码添加小编获取),输入验证码后即可登录,不必注册,直接使用,不必担心隐私泄露,是不是诚意满满~
③登录后在工具一栏(全部分析)里找到火山图,点击进入;
④请按照界面右侧的说明书或者下文进行操作,即可在2分钟内获得一张精美的火山图~
step 01 上传数据
※目前平台仅支持.txt(制表符分隔)文本文件或者.csv文件的文件上传。(平台可对不规范的数据格式进行部分处理,但还是请您尽量按照示例数据的格式调整数据,以便机器可以识别)
a)准备一个数据矩阵(形式参照示例数据);
b)表格需要带表头和列名,每一行为样本名或基因名,每一列为各种指标数据名,例如差异倍数、p值等。
c)请提交txt(制表符分隔)文本文件或者.csv文件。操作方法为:全选excel中的所有内容(ctrl+A),复制到记事本中,将记事本文件另存后点击“上传”按钮上传该文件。
step 02 参数设置
2.1 点的大小:按需求自行设置
2.2 点的透明度:按需求自行设置
2.3 up颜色选择:上调基因颜色选择
2.4 stable颜色选择:无差异基因颜色选择
2.5 down颜色选择:下调基因颜色选择
2.6 是否添加辅助线:辅助虚线按需求自行设置
2.7 筛选样本:按需选择要作图的样本(如无需要可以不填)
2.8 筛选显示种类:按需自行选择要显示的样本或元素(如无需要可以不填)
step 03 网页预览
点击“运行”开始作图,出图后可选择“网页预览”和“图片预览”两种方式进行在线查看。其中“网页预览”小工具使用方法如下:
step 04 下载文件
图片确认无误后可点击“下载”保存压缩包查看PNG、PDF以及网页版文件(网页版也可以调整以上细节)。
step 05 作图后处理
TUTU云平台提供的是PDF格式的矢量图,可通过矢量图处理软件进行编辑和调整(如:文字字体,文字大小,图片分辨率等)。图形处理软件和使用方法可扫描文后的二维码添加小编获取。
写作建议
XXXX was performed on Tutools platform (https://www.cloudtutu.com), a free online data analysis website.
尊敬的用户,如果图图云平台在您的科研中有幸提供了些许帮助,我们期望您能在方法学或者致谢中提及我们,引用方法如下:XXXX analysis was performed on Tutools platform (http://www.cloudtutu.com), a free online data analysis website. 目前平台还处于测试阶段,使用过程中有任何疑问或者报错欢迎随时联系小编反馈。您的反馈和建议是我们最大的动力~
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