如何从ZINC数据库下载小分子用于虚拟筛选

ZINC改版了，最新版跟几年前我用的版本大不一样，于是查了一下资料，整理了一个教程

参考视频：https://www.youtube.com/watch?v=zloEnrWGqAg

1.点击Tranches，可以看到有很多选项，根据需求选择合适的分类，点击下载，我选择sdf格式的下载，下载方式选择powershell，将文件下载到桌面，放在screening文件夹里，并修改文件名为ligands.ps1；

2.开始菜单栏输入Powershell,右键，以管理员身份运行；

3.切换文件夹，输入ls，看users文件夹中的所有文件夹；

然后cd "想进入的文件夹名"

最后cd Desktop进入桌面文件夹

cd Screening进入筛选文件夹

输入ls，看screening文件夹里面有什么；

输入Set-ExecutionPolicy Unrestricted

选择 Yes to all

输入.\ligands.ps1，回车后，选择run once；

完成后，输入Set-ExecutionPolicy Unrestricted

3.以上步骤会在Screening文件夹下生成新的文件夹，视频中是两个，也可能更多

新建文件夹ligands

搜索框输入.gz

打开解压缩工具ExtractNow

将文件拖入ExtractNow

点击Extract，选择ligands文件夹，点击Ok to all。

打开ligands文件夹，里面的文件就是下载的sdf格式

如何从ZINC数据库下载小分子用于虚拟筛选相关推荐

药物设计常用的方法分子对接虚拟筛选等
CADD蛋白结构分析.虚拟筛选.分子对接(蛋白-蛋白.蛋白-多肽) 时间课程名称课程内容第一天上午生物分子互作基础 1.生物分子相互作用研究方法 1.1 蛋白-小分子.蛋白-蛋白相互作用原理 ...
【超简单！】如何在ZINC库中批量下载虚拟筛选小分子数据集（Windows环境下）
文章目录前言一.选择合适的分子范围二.数据集下载三.Windows安装Wget 四.准备就绪,傻瓜式下载分子集! 总结前言使用Windows环境,在进行分子对接或者人工智能分子筛选时需要从 ...
虚拟筛选涉及的小分子数据库
药物设计和虚拟筛选依赖化学信息学和生物信息学中大量的靶点.小分子以及靶点-小分子相互作用星系.从大量的有机化合物中有效地遴选出可能有候选化合物,避免了对化合物盲目地活性筛选,从而降低了发现活性先导化合 ...
AlphaFill: AlphaFold预测结构与小分子互作数据库
目录前言 AlphaFill 在线使用填充小分子前后蛋白结构比较分析蛋白和小分子互作前言尽管目前AlphaFold2在预测蛋白质结构上已经取得了很高的准确性,但目前的预测是仅仅基于氨基酸链出 ...
4-Arm PEG-DSPE 四臂-聚乙二醇-磷脂可用于修饰小分子材料
---------------- 基本参数 ---------------- 4-Arm PEG-DSPE,又名4-ArmPEG-Hydroxy,属于DSPE PEG Multi-arm PE ...
ICG-PEG-MAL,吲哚箐绿-聚乙二醇-马来酰亚胺；用于标记肽，蛋白质，寡核苷酸和一些小分子中的巯基
ICG-PEG-MAL,吲哚箐绿-聚乙二醇-马来酰亚胺中文名称:吲哚箐绿-聚乙二醇-马来酰亚胺英文名称:ICG-PEG-MAL 性状:绿色固体溶剂:溶于二氯甲烷等常规性溶剂. 稳定性:-20℃, ...
HSA-Cy3；Cy3标记人血清白蛋白；用于免疫荧光检测、流式细胞分析和药物小分子与生物大分子相互作用的分析测定。
中文名称:Cy3标记人血清白蛋白(HSA-Cy3) 英文名称:Human Serum Albumin-Cy3 Conjugate 本制品以人血清白蛋白和花青染料3(Cyanine 3,Cy3)为原料, ...
DrugBank:小分子数据信息挖掘
DrugBank数据库简介 DrugBank数据库是唯一将详细的药品数据(即化学,药理学和制药)与综合药物靶点信息(即序列,结构和作用通路)相结合的"生物信息学和化学信息学"资源. ...
智源抗疫 - 药物研发小分子性质预测赛
人类与新型冠状病毒所引发的疫情(COVID-19)已战斗多日,针对病症是否有相应的特效药物也成为了公众关心的重点.同时,我们知道,药物研发过程是极为浩大.严谨的科学研究,例如目前正处于临床验证阶段的瑞 ...

如何从ZINC数据库下载小分子用于虚拟筛选

如何从ZINC数据库下载小分子用于虚拟筛选相关推荐

最新文章

热门文章