Anaconda安装RDKit

conda create -c rdkit -n rdkit-env rdkit

import rdkit
from rdkit import Chemmol = rdkit.Chem.rdmolfiles.MolFromPDBFile('CHEMBL519111.conf1.pdb')
SMILES = Chem.MolToSmiles(mol)

完了可以用这个网站画一下SMILES

http://cdb.ics.uci.edu/cgibin/Smi2DepictWeb.py

使用RDKit将pdb文件转成SMILES相关推荐

将Materials Studio导出的pdb文件转换成LAMMPS所用的data坐标文件（含程序）
将Materials Studio导出的pdb文件转换成LAMMPS所用的data坐标文件的程序使用说明程序在此 1.程序可以识别的文件格式和输出的文件格式示例如下: 输入的PDB文件应该包含模拟边 ...
将pdbqt文件转成SMILES文件
文章目录先把pdbqt文件转成pdb Anaconda 安装Openbabel pip 安装 Openbabel 然后把pdb转成SMILES 完了可以用这个网站画一下SMILES 先把pdbqt文 ...
RDKit | 读取PDB文件并可视化
导入库 from rdkit import rdBase from rdkit import Chem from rdkit.Chem import Draw from rdkit.Chem impo ...
数据预处理-PDB文件处理代码
以下代码为个人原创,python实现,是处理PDB文件的部分常用代码,仅供参考! 1.下载PDB文件下面是一个下载PDB文件的函数,传入的参数是一个写有pdb名字的namefile文件,函数的核心部 ...
根据Uniprot ID/PDB ID批处理获取蛋白质.pdb文件
1.根据Uniprot ID批处理获取蛋白质.pdb文件由于Uniprot的ID号可能对应多个NCBI的ID,但是根据Alphafold可以获取其唯一的PDB文件,所以用代码批处理获得.pdb文件如 ...
说说Debug文件夹下的.pdb文件
.PDB文件,全称为"程序数据库"文件.我们使用它(更确切的说是看到它被应用)大多数场景是调试应用程序.目前我们对.PDB文件的普遍认知是它存储了被编译文件的调试信息,作为符号文件 ...
lib vs 生成pdb_「pdb文件」VS PDB文件详解 - seo实验室
pdb文件转自https://blog.csdn.net/feihe0755/article/details/54233714 PDB(Program Data Base),意即程序的基本数据,是V ...
VS PDB文件详解
转自https://blog.csdn.net/feihe0755/article/details/54233714 PDB文件的介绍 PDB(Program Data Base),意即程序的基本数据 ...
vc 运行不了pdb文件什么鬼_PDB是什么文件_PDB文件怎么打开_PDB文件能删吗
PDB是什么文件?一些用户在操作电脑的时候,可能会碰到后缀名为.pdb的文件,该文件是程序数据库文件,相信很多用户对于PDB文件都不了解,下面小编将给大家科普下PDB文件知识,请大家耐心阅读下文. P ...

使用RDKit将pdb文件转成SMILES

完了可以用这个网站画一下SMILES

使用RDKit将pdb文件转成SMILES相关推荐

最新文章

热门文章