samtools faid产生的.fai文件详解

区别samtools faidx产生的.fai文件功能和bwa index 产生的四个文件的功能
samtools faidx 能够对fasta 序列建立一个后缀为.fai 的文件，根据这个.fai 文件和原始的fasta文件，能够快速的提取任意区域的序列

用法：

samtools faidx input.fa

该命令对输入的fasta序列有一定要求：对于每条序列，除了最后一行外，其他行的长度必须相同,

one
ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCAT
GCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC
ATGCAT
two another chromosome
ATGCATGCATGCAT
GCATGCATGCATGC

最后生成的.fai文件如下，共5列，\t分隔；

one 66 5 30 31
two 28 98 14 15

第一列 NAME : 序列的名称，只保留“>”后，第一个空白之前的内容；

第二列 LENGTH: 序列的长度，单位为bp；

第三列 OFFSET : 第一个碱基的偏移量，从0开始计数，换行符也统计进行；

第四列 LINEBASES : 除了最后一行外，其他代表序列的行的碱基数，单位为bp；

第五列 LINEWIDTH : 行宽，除了最后一行外，其他代表序列的行的长度，包括换行符，在windows系统中换行符为\r\n, 要在序列长度的基础上加2；

提取序列：

samtools faidx input.fa chr1 > chr1.fa

samtools faidx input.fa chr1:100-200 > chr1.fa

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