R ggplot2 添加曲线

R 添加均值曲线

数据情况

计算均值
a.mean=aggregate(Value ~ Group, data = a, FUN = “mean”)

绘图

library(ggplot2)
library(ggpubr)
a=read.table("C:\\Users\\XXX\\Desktop\\result.finnal.xls.plot",head=T)
a.mean=aggregate(Value ~ Group, data = a, FUN = "mean")
p<-ggplot(a, aes(x=Group, y=Value)) +geom_point(size=2,shape=21,color="gray40")+theme_classic()+ scale_x_continuous(limits=c(2,16),breaks=seq(2,16,1)) +xlab("Number of genomes")+ylab("Number of gene families")
layer2<-geom_xspline(aes(x=Group, y=Value), a.mean, color="gray30",size=1.5,linetype="dashed",position = "identity",inherit.aes = FALSE)
p+ theme(panel.grid.major = element_blank(), panel.grid.minor = element_blank()) +layer2

添加拟合曲线

method : “auto”, “lm”, “glm”, “gam”, “loess” or a function
se:Display confidence interval around smooth
span: Controls the amount of smoothing for the default loess smoother. Smaller numbers produce wigglier lines, larger numbers produce smoother lines.

p+geom_smooth(aes(x=Group,y=Value),method = "loess",color="gray30",se=FALSE,size=1.3,span = 0.4,linetype="twodash")+theme(panel.grid.major = element_blank(), panel.grid.minor = element_blank())

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