DrugBank模型数据集比较

https://www.pnas.org/doi/full/10.1073/pnas.1803294115

论文	node	edges	types
DeepDDI	2159(1710)	192284	86
MUFFIN	2323(1569)	172426	81
Me	1872	362208
MDF-SA-DDI	572/1258	74528/323539	65/100
DDIMDL	572/572	37264/74528	65
SumGNN	1709	192224	86

DeepDDI:2159个approved，包含smiles，但是我把DeepDDI里面那个192284个边关系的拿出来写代码数一下实际用到只有1710个，可能是本来99种关系，消除到86种的话，去掉了几百种？Bitbucket

MUFFIN：192284是86种关系每一种都超过了5个实例，MUFFIN种筛选出每一种都超过10个实例的。同样的，统计multi_ddi_sift.txt这个实体个数是1569，但是drugname_smiles.npy是2323个。变成了172426个关系。

Me:我从drugbank上下载了drugbank.xml v5.0.3版本，然后从里面抽出来aproved 且包含smiles的，个数是1872个作为实体集。然后抽取两个实体都在这个实体集中的DDI，结果居然是362208。我不理解

DDIMDL:论文中提到，从DrugBank中收集包含1.substructure,targets, pathway,enzymes的药物，使用KEGG数据库获得pathway，target和enzymes都是从drugbank直接获取，最后获得了57个药物，74528个药物对。但是在代码中是572实体，37264个药物对。。。我不理解。。。

MDF-SA-DDI:文中提到利用DDIMDL中的药物对572/74528个药物对作为小的数据集，第二个数据集是抽取了三个特征，子结构，靶点，酶（少了一个pathways)。

DrugBank模型数据集比较相关推荐

基于Python tensorflow2.3实现的水果识别系统源码+模型+数据集，卷积神经网络的入门案例
水果识别-基于tensorflow2.3实现水果识别是卷积神经网络的入门案例,这里我将模型的训练.测试.保存以及使用整合在了一起,至于原理部分,大家可以参考知乎或者B站上的回答,在这里我就不赘述了 ...
T5模型数据集（C4）
T5(Transfer Text-to-Text Transformer)模型:一个统一框架,靠着大力出奇迹,将所有 NLP 任务都转化成 Text-to-Text (文本到文本)任务. T5(Tex ...
【数据处理脚本】RA-CNN模型数据集处理及训练出现的报错解决
文件合并处理的脚本编写在我的虹膜数据集中,每个人的数据对应一个编号的文件夹(如001),文件夹下分左右眼文件夹(L和R),结构如下: 001 L R 002 L R 在本次实验中,没有对左右眼进行区 ...
Python:分类模型数据集找不到怎么办？自己动手，丰衣足食！
小伙伴们在用机器学习模型进行分类的时候,可能会遇到这样的问题:明明我都把模型建立起来了,代码也写好了,但是,数据集上哪儿找去? 巧妇难为无米之炊,今儿我就告诉大伙儿一个方法,来自己嗯造数据集 #导入s ...
Google 谷歌 AI博客：发布Objectron 3D对象检测模型数据集
仅通过在照片上训练模型,机器学习(ML)的最新技术就已经在许多计算机视觉任务中实现了卓越的准确性.基于这些成功和不断发展的3D对象理解,在增强现实,机器人技术,自主性和图像检索等广泛应用方面具有巨大潜 ...
【易盾图像识别】文字点选识别附带模型+数据集 +识别代码+思路
如有损害他人利益,请即时通知,文章会在第一时间内删除! 前言继极验文字点选的发布,怎么能少得了易盾呢,本次分享将会把模型,代码,数据集一起分享出来! 摘要(About this paper): 易盾 ...
YOLOV8做实例分割（环境配置+搭建模型+数据集制作+训练+预测全套）
目录一.安装Anaconda3 1.下载 2.安装 3.验证二.搭建windows上yolov8环境 1.cuda+pytorch+python版本选择 ①查看自己电脑的cuda型号 ②显卡驱动版 ...
数据集大小与模型性能的敏感性分析
[翻译自 : sensitivity-analysis-of-dataset-size-vs-model-performance] [说明:Jason Brownlee PhD大神的文章个人很喜欢,所 ...
paddle - crowdHuman数据集训练人体识别模型
paddle - crowdHuman数据集训练人体识别模型数据集annotation crowdhuman的odgt文件各项意义转换为paddle yolo的格式输入哪些数据? 输出模型数据 ...

DrugBank模型数据集比较

DrugBank模型数据集比较相关推荐

最新文章

热门文章