pymol安装教程linux,PyMOL | Pymol绘图教程(一)
PyMOL
PyMOL软件以Py+MOL命名:“Py”表示它是由一种计算机语言Python所衍生出来的,“MOL”表示它是用于显示分子(英文为molecule)结构的软件。为什么选择Pymol,因为它是强大的分子可视化软件,具有诸多优点:
高质量科学论文发表图形
动画制作
文档文件和会话文件并存
鼠标操作与命令行操作
免费的开放源码
缺点:
缺乏足够的文件资料
没有UNDO功能
功能不完善
PyMOL适用于创作高品质的小分子或是生物大分子(特别是蛋白质)的三维结构图像。软件的作者宣称,在所有正式发表的科学文献中的蛋白质结构图像中,有四分之一是使用PyMOL来制作。
PyMOL官网
PyMOL维基
Pymol基本操作
命令行操作
Pymol是区分大小写的,不过目前为止Pymol还是只用小写。
Pymol的命令都是由关键词(keyword)加上一些变量(argument)组成,格式如下:
Pymol> keyword argument
其中关键词(keyword) 如load、 zoom、 color、 set等等, 是必须的, ;
而变量则不是必须的,比如退出命令quit就不需要附加变量:
Pymol> quit
通常情况下需要加变量,当不加任何变量时, Pymol会默认一个变量all。
在Internal GUI中,我们经常要用鼠标对界面中的结构进行操作,所以我们一定要熟悉,All指所有的对象,(sele)是选择的对象按钮
A:代表对这个对象的各种action,
S:显示这个对象的某种样式,
H:隐藏某种样式,
L:显示某种label,
C:显示的颜色
对象选择
Pymol> load name.pdb, name # 载入pdb文件,并命名
Pymol> fetch object # 直接从网上下载,不用加后缀
#如果打开了多个PDB文件,想暂时关闭/打开某个对象,可以这样:
Pymol> disable object-name Pymol> enable object-name
#删除选定的目标或者整个对象:
Pymol> delete selection-name Pymol> delete object-name
对象显示
Pymol> show representation #以不同方式显示蛋白质结构
Pymol> hide representation
Pymol>as representation #不论原来有多少种表示形式,只显示一种
其中representation可以为:cartoon, ribbon, dots, spheres, surface和mesh。
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