python dicom 测量_python对DICOM图像的读取方法详解
DICOM介绍
DICOM3.0图像,由医学影像设备产生标准医学影像图像,DICOM被广泛应用于放射医疗,心血管成像以及放射诊疗诊断设备(X射线,CT,核磁共振,超声等),并且在眼科和牙科等其它医学领域得到越来越深入广泛的应用。在数以万计的在用医学成像设备中,DICOM是部署最为广泛的医疗信息标准之一。当前大约有百亿级符合DICOM标准的医学图像用于临床使用。
看似神秘的图像文件,究竟是如何读取呢?网上随便 一搜,都有很多方法,但缺乏比较系统的使用方法,下文综合百度资料,结合python2.7,讲解如何读取及使用DICOM图像。
读取DICOM图像,需要以下几个库:pydicom、CV2、numpy、matplotlib。pydicom专门处理dicom图像的python专用包,numpy高效处理科学计算的包,依据数据绘图的库。
安装:
pip install matplotlib
pip install opencv-python #opencv的安装,小度上基本都是要下载包,安装包后把包复制到某个文件夹下,
#后来我在https://pypi.python.org/pypi/opencv-python找到这种pip的安装方法,亲测可用
pip install pydicom
pip install numpy
如果没有记错,安装pydicom时,也会自动把numpy安装上。
安装好这些库后,就可以对dicom文件操作。
具体看下面代码:
#-*-coding:utf-8-*-
import cv2
import numpy
import dicom
from matplotlib import pyplot as plt
dcm = dicom.read_file("AT0001_100225002.DCM")
dcm.image = dcm.pixel_array * dcm.RescaleSlope + dcm.RescaleIntercept
slices = []
slices.append(dcm)
img = slices[ int(len(slices)/2) ].image.copy()
ret,img = cv2.threshold(img,90,3071,cv2.THRESH_BINARY)
img = numpy.uint8(img)
im2,contours,_ = cv2.findContours(img,cv2.RETR_LIST,cv2.CHAIN_APPROX_SIMPLE)
mask = numpy.zeros(img.shape,numpy.uint8)
for contour in contours:
cv2.fillPoly(mask,[contour],255)
img[(mask > 0)] = 255
kernel = cv2.getStructuringElement(cv2.MORPH_ELLIPSE,(2,2))
img = cv2.morphologyEx(img,cv2.MORPH_OPEN,kernel)
img2 = slices[ int(len(slices)/2) ].image.copy()
img2[(img == 0)] = -2000
plt.figure(figsize=(12,12))
plt.subplot(131)
plt.imshow(slices[int(len(slices) / 2)].image,'gray')
plt.title('Original')
plt.subplot(132)
plt.imshow(img,'gray')
plt.title('Mask')
plt.subplot(133)
plt.imshow(img2,'gray')
plt.title('Result')
plt.show()
在DICOM图像里,包含了患者的相关信息的字典,我们可以通过dir查看DICOM文件有什么信息,可以通过字典返回相关的值。
import dicom
import json
def loadFileInformation(filename):
information = {}
ds = dicom.read_file(filename)
information['PatientID'] = ds.PatientID
information['PatientName'] = ds.PatientName
information['PatientBirthDate'] = ds.PatientBirthDate
information['PatientSex'] = ds.PatientSex
information['StudyID'] = ds.StudyID
information['StudyDate'] = ds.StudyDate
information['StudyTime'] = ds.StudyTime
information['InstitutionName'] = ds.InstitutionName
information['Manufacturer'] = ds.Manufacturer
print dir(ds)
print type(information)
return information
a=loadFileInformation('AT0001_100225002.DCM')
print a
总结
以上就是这篇文章的全部内容,希望本文的内容对大家的学习或者工作能带来一定的帮助,如果有疑问大家可以留言交流,谢谢大家对编程小技巧的支持。
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