（文献随笔）肿瘤浸润的活化B细胞抑制结直肠癌的肝转移(Cell Report, 2022年8月30日)

Tumor-infiltrated activated B cells suppress liver metastasis of colorectal cancers

我觉得的 Highlight

活化的B细胞会抑制结直肠癌肝转移
在结直肠癌肝转移的患者中发现活化的B细胞表达的IgG不完全，这种类型的B细胞被称为不完全分化的浆细胞α（iMPA）
iMAP只高表达IgG重链基因
创建了评价IgG重/轻链比例的评分系统，并且该评分可以用于评估结直肠癌左右边异质性，且和肝转移密切相关

我觉得有用的 Introduction

结直肠癌最常见的转移部位是肝脏，大约 50% 的患者发生肝转移（LM），20%–30% 的患者在初始诊断时出现LM¹
左右两侧结直肠癌的细胞亚型，血管生成，生理学功能具有差异，右侧的预后比左侧差²

文章使用的 Marker

Cluster	Annotated name	Marker genes
T cell	naïve T	IL7R, EEF1B2, SELL, CCR7
T cell	cytotoxic CD8	CCL4, CCL5, GZMK, CST7, GZMA, CD8A, GZMH, IFNG, CD8B
T cell	exhausted CD8	GZMB, CCL5, GZMA, GZMH, CD8A, GAPDH, LAG3, CD8B, CTSW, CST7, PDCD1
T cell	Treg	BATF, IL32, SAT1, TNFRSF18, TNFRSF4, CARD16, PMAIP1, TIGIT, IL2RA, CORO1B, FOXP3
T cell	Th17	CCL20, RORA, CCR6, IL17A, IL17F
natural killer	NK	NKG7, GNLY, KLRD1, GZMB, PRF1, FCGR3A, FGFBP2, XCL1
T cell	CD4+	CD4, SRGN, CXCL13, NR3C1, CHN1, RBPJ
T cell	proliferating T	MKI67, CD3D, CD3E
B cell	plasma	XBP1, IGKC, IGHG4, IGHG1, IGHG3, IGHG2, JCHAIN
B cell	activated B	HLA-DRA, HLA-DPB1, MS4A1, CD79A, CD69, CD19
Mast	Mast	TPSAB1, CPA3, HPGDS
macrophage	Macrophage	C1QA, C1QB, C1QC, CSF1R
fibroblast	fibroblast	PDGFRA, CFD, DPT, GSN, RGS5, DNC, LUM
cancer	Tumor	KRT8, KRT18, EPCAM, KRT23, KRT19, CDK6, COL9A3, FXYD5, CST1
Dendritic cells	mDC	CD1C, CLEC10A, PPA1
Endothelial	Endothelial	ENG, CD34, PLVAP, VWF

我感兴趣的 Result

数据组成（手术切除原发性肿瘤病灶）：

13 名中国结肠癌患者（男性，45-80 岁）

RCC-LM组（n=3）

LCC-LM组（n=3）

RCC无转移组（n=4）

LCC 无转移组（n = 3）

平均肿瘤大小 60.49 (6~351) cm³

通过质量控制后的有 92,120 个细胞，平均每个样本 7,086 个细胞

从图中可以看出，肿瘤细胞单独成簇，样本异质性较弱

转移组和非转移组中B细胞比例差异较大，且活化的B细胞也有显著的差异（文章通过这一点，合情合理的引出自己想做B细胞）

对401例结直肠癌患者进行生存分析，用活化B细胞的标志物CD19进行评估发现，CD19高表达患者预后较好。

文章在后续的分析中，仅提取的成熟的B细胞和不成熟的B细胞进行研究

在UMAP图中发现，这些B细胞的异质性还是很强的，并且差异基因主要集中在免疫球蛋白超家族

接下来的这个结论讲实话我一时半会儿没办法接受，过于跳跃
iMPA的高表达基因是一个IGHG基因系列，与B细胞活化为浆细胞有关。iMPA 表达 Ig 重链蛋白，例如 IGHG4。由于 IgG 分子的组装需要轻链和重链，该结果表明仅表达 IgG 重链的 iMPA 不会组装功能性IgG，从而导致免疫功能改变，进而与转移和预后不良有关。

IgG的重轻链的表达差异可能与肿瘤转移相关，于是作者提出来了一种 HeavytoLight 评分来评估 Ig 轻链和重链基因表达的平衡

重链相关基因：IGHG4、IGHG1、IGHG3、IGHV、IGHG2、JSRP1、DNAAF1
轻链相关基因：IGLC3、IGLC2、IGLV1、IGLV6、IGLC7和DERL3
然后在数据中，和TCGA数据中，不同的癌组织中分别验证了这个结果，例如在胃癌和胰腺癌中具有显著的预后差异

在文章中，我感兴趣的重点是这一部分，其他的就不进行讨论

文章重心说 iMAP 与结直肠癌肝转移相关，然后在提到iMAP高表达IgG的重链（

其实这里没什么大问题，就是文章的证据不能够严谨的支撑整篇文章的核心观点（既然放在Highlights部分我就认为是你的核心观点）

实际上我是非常期待重轻链的评分，但是看到方法后我就惊呆了公式也过于的简陋

其实公式简陋也不是什么大问题，好用就行，但是你这个公式使用GSEA重链/GSEA轻链，这里可能就有点小问题。
文章强调重链轻链的差异表达（尤其是重链高表达）会导致预后不好，但是定义出来的这个指标完全无法反应重链高表达这个情况
在补充图S7A图中,可以很明确的看出得分高预后好（包括TCGA的数据也一样）

理论上重轻链表达相近的时候，得分应该在1附近，从图可以看出，非转移组确实是这样的，但是在转移组中的说法就很多了，当值低于1的时候，到底是重链表达少了还是轻链表达多就说不清楚了。尤其是在负数的时候说法就更多了，因此这个指标无法评估到底是重链表达偏差影响转移还是轻链表达偏差影响转移

Reference

[1] The Oncologist. 2020 https://doi.org/10.1634/theoncologist.2020-0563 [2] Front. Immunol. 2018 https://doi.org/10.3389/fimmu.2018.01578