LOH杂合性缺失简介

2024-05-08 08:10:30

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LOH全称Loss of heterozygosity，中文名叫做杂合性缺失。

以human为例，正常体细胞中有两个染色体组，一对等位基因的allel不同时，就可以说这个基因是杂合的。由于SNP的存在，正常体细胞中的基因都具备了成为杂合的可能性。

当其中某个allel突变或者缺失，导致一对等位基因只剩下了一个allel, 就丧失了成为杂合的可能性，这个现象就叫做杂合性缺失。

LOH在癌症中普遍存在，已有研究表明LOH会导致抑制基因的失活，从而影响癌症的发生与进行。

导致杂合性缺失有两种基因组变异模型，示意图如下

第一种比较容易理解，其中一个等位基因缺失，所以是染色体缺失; 第二种是染色体重组，导致原本杂合的基因变成了纯合子。

针对肿瘤NGS数据的分析，有许多工具可以用于识别LOH，但是在分析LOH时必须考虑到肿瘤纯度这个因素。

1. 肿瘤纯度

在收集肿瘤组织样本时，不可避免的会混入部分正常的体细胞，肿瘤纯度tumor impurity 指的是所有细胞中肿瘤细胞所占的比例。分析肿瘤纯度的软件包括

ABSOLUTE
CLImAT

2. LOH

常用软件包括以下几种

Control-Freec
SNVMix
CLImAT

在后续文章中，会详细介绍每个软件的用法。

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