ggplot绘制柱状图 python_ggplot2|绘制GO富集柱形图
生信分析中经常会得到一些基因,然后做GO富集分析,达到对基因进行注释和分类的目的。
本文利用R语言的ggplot2包,从头带您绘制可发表级别的GO富集分析结果图。
一 载入数据集和R包
利用各种生信工具得到富集分析结果,数据列可能不一致,但关键几列都有。
library(ggplot2)data
二 对上述GO结果绘制基础bar图
参照之前ggplot2使用方法,更改geom即可绘制简单的bar图,按照GO_category分组颜色
ggplot(data=data, aes(x=GO_term,y=Num_of_symbols_in_list_in_GO, fill=GO_category)) + geom_bar(stat="identity", width=0.8)
可看出和文献中的差距较大,体现在以下几个方面:
A:标题,坐标轴“业余”;
B:GO_category顺序未按照输入文件,相同GO_category没在一起;
C:横坐标label太长,重叠在一起。
三 “细节”调整GO结果bar图
3.1 坐标轴调整策略
#将GO_term设定为factor即可按照顺序输出GO_term_order=factor(as.integer(rownames(data)),labels=data$GO_term)ggplot(data=data, aes(x=GO_term_order,y=Num_of_symbols_in_list_in_GO, fill=GO_category)) + geom_bar(stat="identity", width=0.8) + coord_flip() + xlab("GO term") + ylab("Num of Genes") + theme_bw()
好像有一点能看了,尝试其他策略。
3.2 调整横坐标label策略
将label调整成一定角度倾斜
COLS
嗯 ,标签太长溢出,采取保留GO-term的前三个单词(可以其他策略)后面...代替,可以excel或者R function 解决。
3.3 调整label长度后绘图
GO_term_order=factor(as.integer(rownames(data)),labels=labels)COLS
好了 ,这样好像比较顺眼了,不管什么软件工具得到的GO富集结果,都可以绘图,然后,,,发文章去吧。。。
ggplot绘制柱状图 python_ggplot2|绘制GO富集柱形图相关推荐
- python turtle绘制柱状图_python绘制图形(Turtle模块)
用python的Turtle模块可以绘制很多精美的图形,下面简单介绍一下使用方法. 需要用到的工具有python,python 的安装这里就不再细说.自行搜索. from turtle import ...
- ggplot绘制柱状图 python_ggplot2堆积柱形图笔记
#creat a dataset(生成数据) specie condition value df library(ggplot2) #分组柱形图 p1 p1+theme(legend.position ...
- D3.js 绘制柱状图
使用D3 V4版本绘制 使用D3绘制柱状图,绘制效果如下: 使用D3绘制柱状图,先对需要绘制的图形拆解,主要分为以下几个部分: 1. 比例尺的定义 2. 坐标轴的绘制 3. 添加矩形 4. 修改坐标轴 ...
- python画柱形图-Python绘制柱状图
import os #输入想要存储图像的路径 os.chdir('路径') import matplotlib.pyplot as plt import numpy as np #改变绘图风格 imp ...
- cufflinks基于dataframe数据绘制柱状图(bar plot)、堆叠柱状图(stacked bar plot)
cufflinks基于dataframe数据绘制柱状图(bar plot).堆叠柱状图(stacked bar plot) # bar plot # from chart_studio import ...
- 用python绘制柱状图标题-Python数据可视化:5种绘制柱状图表的方法(附源码)...
本文的文字及图片来源于网络,仅供学习.交流使用,不具有任何商业用途,版权归原作者所有,如有问题请及时联系我们以作处理 以下文章来源于数据Magic,作者我不是小样 前言 python里面有很多优秀的可 ...
- python 绘制柱状图-Python使用Plotly绘图工具,绘制柱状图
使用Plotly绘制基本的柱状图,需要用到的函数是graph_objs 中 Bar函数 通过参数,可以设置柱状图的样式. 通过barmod进行设置可以绘制出不同类型的柱状图出来. 我们先来实现一个简单 ...
- python 画柱状图-python使用Plotly绘图工具绘制柱状图
本文实例为大家分享了python使用Plotly绘图工具绘制柱状图的具体代码,供大家参考,具体内容如下 使用Plotly绘制基本的柱状图,需要用到的函数是graph_objs 中 Bar函数 通过参数 ...
- bar()函数——python绘制柱状图
绘制柱状图,我们主要用到bar()函数. 只要将该函数理解透彻,我们就能绘制各种类型的柱状图. 我们先看下bar()的构造函数:bar(x,height, width,*,align='center' ...
最新文章
- 常用的PHP正则表达式汇总
- 12月23号 Foundation库NSString操作
- zoj 3841 Cards
- 教学思路C#之入门一 认识简单的C#结构
- centos7 搭建Docker Registry
- 输出一个文件的最后n行数据,如果文件总行数不足n行,则显示全部数据
- 如何查看google chrome 插件源码
- [PyTorch] 安装
- 微信支付 SDK 惊爆漏洞:黑客可 0 元购买任意商品
- vue根据屏幕大小适配表格高度
- web前端面试:不做面试“海王”,一份资料就可成功上岸!
- C# 在采集数据时的验证与登录处理
- 计算机下桌面图标点不开怎么办,我的电脑桌面图标程序都打不开怎么办?
- 2021年第四届安洵杯WriteUp(转)
- 【Kafka】10道不得不会的 Kafka 面试题
- JavaWeb实现快递物流查询
- Python爬虫常用库requests、beautifulsoup、selenium、xpath总结
- 怎么提取pdf中的表格数据_如何从pdf第1部分中提取表格数据
- 海思HI3516A千兆网卡换百兆网卡配置方法
- php 按汉字拼音排序,php 数组按中文拼音排序