展示一个基本的正则用例

正则表达式是常用的序列匹配工具，在之前的文章三大开源生信基础教程和视频课程中也有介绍，最近给高颜值免费在线SCI绘图工具的一个序列搜索功能增加封面和Demo图片时，举出了几个常用案例，以解释最简单的几个正则的使用方式。

import re
seq = “ACGTCGATGACTGACGACTCGAACTGACGCATGACGCACGAGCATGAGAGACGCGATACGACGAGACTGA”
pat = [‘ACTG’, ‘[AC]TG’, ‘[^TG]TG’, ‘^[AC]CG’, ‘GA$’, ‘A.G’, ‘A..G’, ‘A.{2}G’, ‘A.{2,4}G’, ‘A.G’, ‘A.?G’, ‘A.+G’, ‘A.+?G’]
for i in pat:     re_obj = re.compile(r”%s” % i)     match_list = re_obj.finditer(seq)     if match_list:         print(i)         for match_part in match_list:             print(match_part.span(), match_part.group())

输出结果如上图。

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