OrthoFinder做一个12个真菌的系统发育树

首先我们看看有没有具有OrthoFinder2的docker镜像

docker search 镜像名字
docker search OrthoFinder2

好像没搜到。。

那就去看orthofinder的官方文档

mkdir orthofinder
cd orthofinder
#创建一个目录来工作并cd到其中docker pull davidemms/orthofinder
#获取镜像
#Error response from daemon: manifest for davidemms/orthofinder:latest not found: manifest unknown: manifest unknown
应该是镜像版本老了？https://hub.docker.com/u/library
#进入docker官网搜索看看
https://hub.docker.com/r/davidemms/orthofinder

docker search davidemms/orthofinder

搜到了docker镜像

docker pull davidemms/orthofinder
#还是不行
docker pull davidemms/orthofinder:2.5.4
#加上合适的版本就可以了

pull到了看看能不能run起来

docker images
docker run davidemms/orthofinder #不行
还是要带上tag号
docker run davidemms/orthofinder:2.5.4
#docker rmi 镜像名字/Id号  可以这样删除镜像
orthofinder -h
#能出现帮助文件就是安好了

OrthoFinder2要求输入的序列为氨基酸（蛋白质）序列（CDS对应的序列，即protein coding genes序列）

那我们就去下载对应的需要的文件

将下载好的fasta文件放到一个文件夹中，不要有别的杂质文件

orthofinder -f $pwd/orthofinder #就能开始运行
时间比较长可以加上
nohup orthofinder -f $pwd/orthofinder
等着就好

https://www.jianshu.com/p/82d4cf6c3eda
结果可以参照这一篇

我们选择这个文件作为需要的结果

用iTol进行美化 https://itol.embl.de/

也可以用MEGA-X

关于树的描述

3. 探索正射探测器的结果 |正射仪教程 (davidemms.github.io)
这棵树已经由 OrthoFinder 使用 STAG 算法推断，并使用 STRIDE 算法扎根，因此它已准备好进行解释（通常您必须先自己扎根一棵树）。如上所述，您可以在这里看到果蝇的分支比其他物种更长。如果您知道物种树应该是什么样子，您应该检查树是否符合您的预期。这里推断的正射探测器树是正确的。

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