其实现在官方已经改名字叫Java EE了，指的是Java Enterprise Edition。J2EE是专门针对Java 2 版本的Enterprise Edition, 由于当时影响力非常大，喊惯了就一直沿用下来了。
官方解释在这里：
http://www.oracle.com/technetwork/java/javaee/overview/index.html

The name of the Java platform for the enterprise has been simplified. Formerly, the platform was known as Java 2 Platform, Enterprise Edition (J2EE), and specific versions had "dot numbers" such as J2EE 1.4. To strengthen the association with the Java platform, the short name is now Java EE, and to simplify the version number, the leading "1." is dropped. So the latest version of the Java platform for the enterprise is Java Platform, Enterprise Edition 6 (Java EE 6).

翻译：
Java企业级平台的名称目前已经被简化。以前，该平台一直被人称作Java 2平台，企业版（也就是J2EE），每个J2EE版本都有自己的一个带小数点的版本号，例如J2EE 1.4。为了加强与Java平台的联系，简化后的名称现在被改为了Java EE，其版本号也进行了简化，舍去了1和后面的小数点符号。因此，最新版本的Java平台企业版本被称为Java Platform, Enterprise Edition 6(也就是Java EE 6)

关于为什么叫Java 2:
Wikipedia的解释为：
http://en.wikipedia.org/wiki/Java_%28programming_language%29

With the advent of Java 2 (released initially as J2SE 1.2 in December 1998–1999), new versions had multiple configurations built for different types of platforms. For example, J2EE targeted enterprise applications and the greatly stripped-down version J2ME for mobile applications (Mobile Java). J2SE designated the Standard Edition. In 2006, for marketing purposes, Sun renamed new J2 versions as Java EE, Java ME, and Java SE, respectively.

翻译：
随着Java 2的出现（最初发型版本为J2SE 1.2, 发型时间为1998年12月至1999年），新版本的Java针对不同类型的平台进行了配置。比如，J2EE专门针对企业级应用程序，极大精简的J2ME版本则是为了开发移动应用程序而设计（Java Moblie). J2SE则是标准版本。2006年，处于市场营销的目的，Sun公司将新的Java 2版本进行了重新命名，分别为Java EE, Java ME, Java SE。

由此可见：
1.  现在我们大家说的J2EE其实官方名称叫Java EE. J2EE的名称2006年就被舍弃了。
2.  即使是在当年J2命名方式没有被废止的时候，Java 2这个编号也是一直使用的。因为Java 2实际对应的是JDK 1.2版本，相应的，2004年，最新的JDK版本是1.5，按照命名规则也叫做JDK 5. 由于Java 1.0到Java 2.0是Java技术一个质的飞跃，所以估计Sun公司愿意把Java 2当成一种Java新技术的代号来沿用，因此，即使是对于JDK 5(1.5版本)来说，其Java平台命名仍然叫做J2SE 5，J2EE 和J2ME 5，而没有叫做J5SE, J5EE和J5ME。
3. 严格地来说，以后就没有J2EE了，因为官方名称叫Java EE. 不过这么多年大家都顺口了，所以继续叫J2EE大家也能懂