真菌多样性分析ITS序列

ITS序列是内源转录间隔区（Internally Transcribed Spacer），位于真菌18S、5.8S和28S rRNA基因之间，分别为ITS 1和ITS 2。

在真菌中，5.8S、18S和28S rRNA基因具有较高的保守性，而ITS由于承受较小的自然选择压力，在进化过程中能够容忍更多的变异，在绝大多数真核生物中表现出极为广泛的序列多态性。同时，ITS的保守型表现为种内相对一致，种间差异较明显，能够反映出种属间，甚至菌株间的差异。并且ITS序列片段较小（ITS 1和ITS 2长度分别为350 bp和400 bp），易于分析，目前已被广泛用于真菌不同种属的系统发育分析。

真菌多样性分析流程如下：

高通量测序

目前市面上常用的用于研究环境微生物的高通量测序平台有Illumina/BGI/PacBio/Thermo Ion S5。针对于真菌ITS序列，Illumina凭借其测序读长长、测序周期短、通量大等特点，成为使用最为普遍的测序平台。

微基生物是国内首家采用Illumina-MiSeq 2×300 bp平台进行微生物生态研究，其最大读长可达到550 bp，能够很好地覆盖ITS 1和ITS 2序列，对其进行测序分析。

生物信息/统计分析

案例分析

标题：Integrated Meta-omics Approaches To Understand the Microbiome of Spontaneous Fermentation of Traditional Chinese Pu-erh Tea

mSystems (IF: 6.633)

研究领域：食品

分析物种：细菌，真菌

高通量测序平台：Illumina MiSeq

测序区域：V4V5，ITS 1

原文链接：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6867877/

参考文献：Zhao M, Su XQ, Nian B, et al. Integrated Meta-omics Approaches To Understand the Microbiome of Spontaneous Fermentation of Traditional Chinese Pu-erh Tea. mSystems. 2019;4(6):e00680-19. Published 2019 Nov 19. doi:10.1128/mSystems.00680-19

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