LncACTdb:lncRNA相关的ceRNA网络数据库
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ceRNA是近年来研究的非常火热的一种调控机制,指的是不同RNA分子竞争性的结合miRNA, 通过这种竞争关系来调控不同RNA的表达,这里的RNA分子可以是mRNA, lncRNA, 甚至是pseudogene。
LncATCdb数据库记录了疾病相关的lncRNA-miRNA-mRNA ceRNA网络数据,并提供了功能富集分析,网络图可视化,生存分析等结果,网址如下
http://www.bio-bigdata.net/LncACTdb/index.html
该数据库中的内容分成以下两个部分
predicted data
experimental data
软件预测和实验验证两类,软件预测指的是利用miRanda等软件预测lncRNA-miRNA的相互作用,然后去分析ceRNA;而实验验证主要是从文献中整理出来的ceRNA信息。
以软件预测的结果为例,检索结果示意如下
点击Detail
可以查看详细信息,包含以下信息
1. 基本信息
构成该ceRNA调控网络的各种RNA分析的名字,相关的疾病等信息,示意如下
除此之外,还包含了lncRNA-miRNA, mRNA-miRNA相互作用的详细结果。lncRNA与miRNA的相互作用使用下图中的几个软件进行预测
mRNA-miRNA的相互作用从数据库中得到,示意如下
2. ceRNA网络可视化
结果示意如下,采用了圆环的布局来展示构成了ceRNA关系的lncRNA与mRNA, 由于二者共同结合的miRNA数量很多,所以在图中并没有展示miRNA。
3. 功能富集
对于与lncRNA构成ceRNA关系的蛋白编码基因,进行GO和KEGG富集分析,结果示意如下
4. 疾病标记物
5. 生存分析
对于ceRNA网络中的各种RNA分子,利用TCGA数据库中的数据,进行疾病的生存分析,结果示意如下
除此之外,该数据库还提供了一种在线工具lncACT-Get
, 可以上传自己的表达谱数据,然后进行ceRNA分析。
该数据库中的信息是可以免费下载的, 提供了以下8种信息
实验证据支持的ceRNA文件内容示意如下
通过该数据库,可以得到已有的ceRNA关系,更方便的是,由于数据库中已经存储了lncRNA-miRNA, mRNA-miRNA之间的相互作用关系, 我们可以上传自己的表达谱数据,通过在线工具在识别新的ceRNA网络。
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