分子动力学模拟需要掌握的理论、语言和软件
来源：“分子动力学”公众号
链接：https://mp.weixin.qq.com/s/zvOJk-4tt7LrTKqZlUuaqA
分子动力学是一个交叉学科，需要掌握很多内容，下面大致整理了一些。
理论
分子动力学：这个是最基础的了，不了解就没法往下走了；
力场：任何计算都要用到，所以最好能够熟悉一些常见的力场模型；
系综：这个东西可以说很复杂，需要学习统计力学，如果掌握对于计算过程会理解更透彻。
基础环境
linux：一些基本的命令是必须要学的；
bash：如果能编写一些简单的bash程序，会大大提高工作效率；
python：bash只适合文件操作，如果涉及到数学运算，最好还是会python。
连接软件
Mobaxterm：这个软件功能很强大，支持SSH、FTP以及GUI窗口弹出；
putty：功能虽然有限，但很小巧，只有1M不到；
Filezilla：FTP神器；
WinSCP：有一款常用的FTP软件。
计算软件
lammps：使用最多的分子动力学软件，应用与各种领域；
Gromacs：也有很多人使用，主要用于高分子的模拟；
vasp：最专业的第一性原理计算软件；虽然是搞分子动力学计算，但肯定还是少不了第一性原理的；
建模软件
Materials studio：应该是最强大的建模软件了；
Python：前面已经提到了；有很多复杂的模型需要编程实现。
可视化软件
VESTA：老牌软件，可以在win和linux下使用，功能很多；
OVITO：后起之秀，可以在win和linux下使用，支持文件类型多，可视化速度快，渲染效果好；
VMD：可以在linux环境下实现文件的快速可视化；
atomeye：可以在linux下快速可视化cfg格式的文件。
绘图软件
Origin：搞科研必备软件，绝大部分论文里面的图都是用这个画的；
gnuplot：linux系统自带，可以快速绘制曲线，也有一些数学处理功能。
Excel：微软的产品，虽然不能用于最终绘图，平时用起来还是很好的。
文档编辑软件
Notepad++：windows下功能强大的文本编辑软件；
vi/vim：linux下功能强大的文本编辑软件；
latex：写论文用，特别是公式比较多的时候，学习成本有点高，学会了很好用。
学习建议
不要看到列了一堆软件就吓到了，实际上有很多软件都很简单，安装上就会用，学习成本几乎为0（当然如果要擅长使用还是需要花个把小时摸索一下）
比如连接类软件（Mobaxterm, putty, filezilla, WinSCP）、可视化软件（OVITO、VESTA、VMD）、绘图类软件（Origin、Excel）、文档编辑类软件（Notepad++、vi/vim）。
对于新手入门的一些简单的建议：
首先，要对分子动力学基本原理有一些基本的了解，知道它到底是在干什么，找一本相关的书读一下就可以了。
然后，要对Linux基本操作有一些掌握，熟悉一些常用的命令。
再就是学习一款分子动力学软件，比如lammps。
到这你就算入门了！
但这只是一个开始，更多的时间可能要花在如何将分子动力学应用到你的研究中。
分子动力学模拟需要掌握的理论、语言和软件相关推荐
- 分子动力学模拟软件_功能玻璃专题——分子动力学模拟预测氧化钠含量对二元钠硅酸盐玻璃弹性模量的影响...
赵 谦 1,祖 群 1,齐 亮 2,胡永杰 2,孙雪坤3,陈 阳 1 (1. 中材科技股份有限公司,中国南京 210012:2. 美国密歇根大学,美国密歇根州安娜堡 48109-236: 3. ...
- vasp 模拟退火_【转】vasp的分子动力学模拟 - 第一原理 - 小木虫 - 学术 科研 互动社区...
vasp做分子动力学的好处,由于vasp是近些年开发的比较成熟的软件,在做电子scf速度方面有较好的优势. 缺点:可选系综太少. 尽管如此,对于大多数有关分子动力学的任务还是可以胜任的. 主要使用的系 ...
- 干货分享 | 分子对接与分子动力学模拟在药物研发中的应用
前言 分子对接(Molecular docking)与分子动力学模拟(Molecular dynamics simulation)是计算生物学中重要的一部分,在生物学研究中不断发挥着重要的作用.分子对 ...
- amber分子动力学模拟干货总结
AMBER软件安装运行.模型构建及力场文件生成.能量优化.溶剂模型.MM/PBSA方法结合自由能计算.另配合专业案例及经典文章案例复现 分子动力学入门理论 教学目标:了解本方向内容.理论基础.研究意义 ...
- 计算机辅助药物设计 fda,计算机辅助药物设计中的分子动力学模拟.pdf
计算机辅助药物设计中的分子动力学模拟 计算机辅助药物设计中的分子动力学模拟 肖旭东 一.分子动力学概述 随着生命科学理论和计算分析方法的快速发展,新药研究已经进入一个全新的时期,计 算机辅助药物设计正 ...
- c语言数码管数字时钟程序,数码管显示模拟8位时钟C语言程序设计
原标题:数码管显示模拟8位时钟C语言程序设计 //数码时钟设计 #include // 包含寄存器定义的头文件 unsigned char Tab[ ]={0xc0,0xf9,0xa4,0xb0,0x ...
- 分子动力学模拟软件_基于GPU的分子动力学软件ACEMD的简介与安装
Acellera软件包括HTMD.ACEMD.AceCloud.Parameterize.AceFlow和ACEMD3模块. ACEMD简介 ACEMD是一款功能强大的生物分子动力学模拟软件包,该软件 ...
- 深度学习DL蒙特卡洛法平衡态分子动力学模拟并计算苯酚键值
接上文<用反向传导进行分子动力学模拟并比较NN二甲基苯胺,N甲基苯胺,苯胺,硝基苯的定位效应>继续用神经网络模拟分子,这次计算苯酚 苯酚的网络结构 算出来的数值画成图 . 对比前面算出来的 ...
- 让数组的左边全为奇数C语言,2015年全国计算机等级考试全真模拟考场_二级C语言试卷四.docx...
2015年全国计算机等级考试全真模拟考场_二级C语言试卷四 全国计算机等级考试全真模拟试卷(4) 二级C (考试时间l20分钟,满分100分) 一.选择题(每小题1分,共40分) (1)算法是指( ) ...
- 计算机专业对口升学模拟试题,2010对口升学模拟试题计算机专理论综合
对口升学模拟试题计算机专理论综合 专业 计 算 机 学号 姓名 班级________________ 密 封 线 2010年隆回九中计算机专业对口升学模拟试题 计算机专业综合 试题分第Ⅰ卷(选择题)和 ...
最新文章
- Windows Phone 7 SDK 7.1 Beta2 发布
- 使用LVS（Linux Virtual Server）在Linux上搭建负载均衡的集群服务
- requests不容易注意到的细节收集~
- LeetCode Two Sum III - Data structure design
- 最小二乘法拟合非线性函数及其Matlab/Excel 实现（转）
- jsp里加java代码,利用静态内部类为您的代码添加辅助功能-JSP教程,Java技巧及代码...
- linux boost 1.53编译,boost-1.53源码编译
- 【论文】Awesome Relation Extraction Paper（关系抽取）（PART IV）
- Android上按钮解决快速点击问题
- 实现计算机和用户之间的关系,计算机系统概述
- latex 如何添加圆圈数字？
- 高仿微信表情控件 -- LQREmojiLibrary
- 图片放大不失真 —— 矢量图
- 何园–中国晚清第一园
- HTML中abbr标记,html中abbr和acronym标签的区别
- Excel多条件计数——COUNTIFS【获奖情况统计】
- 局域网对战平台 linux,在Linux下可用Wine安装和运行腾讯对战平台、5E对战平台
- 用计算机绘画教学反思,《电脑美术》教学反思范文
- 印象笔记如何分享链接_几步搞懂印象笔记的链接功能
- Elasticsearch根据日期(年-月-日 时:分:秒)进行range(时间范围筛选)