一、问题回顾

corrplot及pheatmap均无法绘制热图并报错

corrplot(test,is.corr=FALSE)
Error in c_max * c_min : non-numeric argument to binary operator

pheatmap(test,cluster_row = FALSE,cluster_col = FALSE)
Error in seq.default(min(x, na.rm = T), max(x, na.rm = T), length.out = n + :
‘from’ must be a finite number

二、分析原因

报错显示出现了非数值型变量

三、解决方案——将整个矩阵转化为数值型变量

1、友情提示：

不能直接用as.numeric,会把矩阵全部转成一列向量

test<-as.numeric(test)
Warning message:
NAs introduced by coercion

2、最终方案——apply命令解决

test=apply(test,2,as.numeric)#将test矩阵，逐列转为数值型变量，并再次赋值给test

test=apply(test,2,as.numeric)
Warning message:
In apply(test, 2, as.numeric) : NAs introduced by coercion

3、结果展示

corrplot(test,is.corr=FALSE)

pheatmap(test,cluster_row = FALSE,cluster_col = FALSE)

作者介绍

何世伟
厦门大学公共卫生硕士
研究方向：表观遗传流行病学、循证医学、生物信息学
联系方式：swheok@foxmail.com

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目录

一、问题回顾

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二、分析原因

三、解决方案——将整个矩阵转化为数值型变量

1、友情提示：

2、最终方案——apply命令解决

3、结果展示

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