lammps案例：团簇融化过程模拟案例学习

分享一个团簇融化的lammps模拟案例，由Carsten Svaneborg博士编写。

模拟单位为LJ，2D模拟体系，周期性边界条件，力场为最常见的LJ力场。

模拟思路：
（1）设置一个4040的模拟盒子，在盒子中央设置一个2020的区域，在中间区域内随机填充原子。
（2）能量最小化消除随机原子的重叠。
（3）设置LJ力场
（4）设置nve系综，使用langevin控温方式进行控温。这一步也可以直接用nvt系综代替。
（5）运行并输出轨迹文件。

案例比较简单，需要注意的是：采用随机方法生成原子，原子之间容易重叠，一定要在正式模拟之前消除原子重叠，否则原子距离过近导致排斥力过大，容易产生“lost atoms”错误。
消除重叠可使用“delete_atoms verlap”和“minimize”命令。
案例代码已注释，仅供参考。

#原子数量
variable npart  equal 500
#LJ单位温度
variable tempstart   equal 0.5
variable tempstop    equal 0.5
#模型基本设置
units       lj
dimension 2
atom_style  atomic
boundary        p p p
neighbor        0.5   bin
neigh_modify    every 1 delay 0 check yes
#模拟盒子设置
region box block -20 20 -20 20 -0.1 0.1
create_box 1 box
#2维计算设置
fix 2d  all enforce2d
#在box中央设置box2
region box2 block -10 10 -10 10 -0.1 0.1
#在box2中随机生成原子
create_atoms 1 random ${npart} 324523 box2
#摩尔质量
mass   *    1
#LJ力场设置
pair_style lj/cut 2.5
pair_coeff * * 1.0 1.0
#能量最小化
minimize 1e-4 1e-4 1000 1000
reset_timestep 0
#保存原子轨迹
dump        img all  atom  1000 dump.xyz
#nve系综，langevin控温
fix integrator all nve
fix dynamics   all langevin ${tempstart} ${tempstop} 1.0 2352325
#设置屏幕输出热力学信息
thermo_style custom step temp  ke pe
thermo      100
#模拟步长设置
timestep    0.01
#运行20000步
run     20000

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