OptiType(v1.3.3)

Precision HLA typing from next-generation sequencing data

（一）需要安装的依赖软件或库

1. Python 2.7

2. RazerS 3

3. Samtools

4. HDF5

5. GLPK

1. Python 2.7(跳过)

2. Razers 3 (source: seqan/apps/razers3 at master · seqan/seqan · GitHub)

RazerS 3 is a tool for mapping millions of short genomic reads onto a
reference genome. It was designed with focus on mapping next-generation
sequencing reads onto whole DNA genomes

安装步骤：

  1)  git clone GitHub - seqan/seqan: SeqAn's official repository.2)  mkdir seqan/buld; cd seqan/build3)  cmake .. -DCMAKE_BUILD_TYPE=Release4)  make razers35)  ./bin/razers3 --help

3. Samtools 1.16.1 (source: SAMtools/BCFtools/HTSlib - Downloads)

Samtools is a suite of programs for interacting with high-throughput sequencing data.

安装步骤：

  1)  tar -jvxf samtools-1.16.1.tar.bz22)  cd samtools-1.16.13)  ./configure4)  make5)  make install(如需管理员权限，sudo make install)

4. HDF5 (source: HDF5® Source Code - The HDF Group)

High-performance data management and storage suite.

安装步骤：

  1)  tar -jvxf hdf5-1.12.2.tar.bz22)  cd hdf5-1.12.23)  ./configure4)  make5)  make install(如需管理员权限，sudo make install)

5. GLPK (source: GLPK - GNU Project - Free Software Foundation (FSF))

The GLPK (GNU Linear Programming Kit) package is intended for solving large-scale linear programming (LP), mixed integer programming (MIP), and other related problems.

安装步骤：

  1)  tar -zvxf glpk-5.0.tar.gz2)  cd glpk-5.03)  ./configure4)  make5)  make install(如需管理员权限，sudo make install)

（二）需要安装的python模块

1. NumPy

2. Pyomo

3. PyTables

4. Pandas

5. Pysam

6. Matplotlib

7. Future

Tip：在安装pysam和tables时，出现相同错误

“Could not find a version that satisfies the requirement oldest-supported-numpy (from versions: none)”

解决办法：

安装tables时，需要安装依赖包numexpr，而numexpr用pip install numexpr命令行进行安装时，安装版本是2.8.1（从Archived: Python Extension Packages for Windows - Christoph Gohlke (uci.edu)官网查到适用于python2.7的版本，最低是2.7.1），

所以直接卸载numpy（v 1.16.6），先安装numexpr，使用命令行pip install numexpr==2.7.1，结果显示，可以正常安装，且安装依赖的numpy，版本为 1.16.6;

接下来，尝试安装官网适用于python2.7的tables版本，“pip2.7 install tables==3.5.2”——显示安装成功；

在成功安装tables后，尝试安装pysam，“pip2.7 install pysam==3.5.2”——显示安装成功；

至此，所有需要安装的python模块全部安装成功！

（三）配置config.ini文件

可以在OptiType的安装目录下，配置config.ini文件（参考config.ini.example），也可以使用-c参数来指定config.ini文件位置

（四）程序测试

利用OptiType程序自带的数据，测试OptiType的运行情况。

python OptiTypePipeline.py -i ./test/exome/NA11995_SRR766010_1_fished.fastq ./test/exome/NA11995_SRR766010_2_fished.fastq --dna -v -o ./test/exome/

结果正常。

安装完成！

参考链接：

GitHub - FRED-2/OptiType: Precision HLA typing from next-generation sequencing data

numpy 安装在python2.7 w64 - 知乎 (zhihu.com)

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