【slingshot and tradeSeq】differential analysis between different lineages

tradeSeq是同一团队做的R包，主要功能有：

（1）比较不同conditions的lineages.例如一组mock stimulation, 一组TGF stimulation,检验两个lineages是否分布相同，如果不相同，可以做差异分析

（2）同一个lineage的不同branch，也可以做差异分析

bioconductor workshop讲解，很好

https://www.youtube.com/watch?v=Fbd08bIv4yk

tutorial 作者提到里面一些功能还处于beta版(2020年时, v0.9)，可以从github安装。bioconductor上成熟的功能也不少，应该是已经发布了(v1.8)。

Trajectory inference across conditions: differential expression and differential progression • bioc2020trajectories

Bioconductor - tradeSeq

另外，在本教程中，integration等上游分析用的Seurat，核心slingshot又回归到了SingleCellExperiment-bioconductor体系，之中有两句代码完成了从seurat到sce的转换

本文章将综合bioconductor-tradeSeq上的三个教程，完成slingshot拟时序分析-tradeSeq差异分析的pipeline。分成两个部分：（1）tradeSeq的workflow（2）拟合模型时的特殊注意事项。

概述

示例数据集为展示上皮-间质转化的细胞，一组TGF刺激，另一组mock stimulation。所以是两种conditio

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