使用pheatmap画热图报错
使用pheatmap画热图报错
报错内容:
Error in hclust(d, method = method) :
外接函数调用时不能有NA/NaN/Inf(arg10)
此外: Warning messages:
1: In dist(mat, method = distance) : 强制改变过程中产生了NA
2: In dist(mat, method = distance) : 强制改变过程中产生了NA
问题详述:
笔者今天先学习了一下R语言和Rstudio的关系,并了解了RStudio是R语言的集成开发环境,一般的任务之间在RStudio中工作就行。本人用Rstudio导入的xls文件。
// 导入excel数据
> library(readxl)
> heapmap <- read_excel("heapmap.xlsx", sheet = "Sheet3")
//调取pheatmap
> library(pheatmap)
> pheatmap(heapmap)
然后问题就出现了!!!
报错
报错
经过一下午的猜测搜索也没找到合适的答案,我猜测是excel的问题,就把随机生成的数据粘贴到新的文本文件,然后导入;
发现问题解决了。
// A code block
final <- read.delim("E:/Shim/07.root_heatmap/heatmap/final.txt",row.names=1)主要是row.names=1这个参数必须有,不然会出现报错
总结
这个问题是导入数据的问题,需要row.names=1的这个参数。
解决方案
1:尽量不使用excel导入数据,转换成txt文件再导入;
2:使用参数row.names=1的导入参数
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