OpenFOAM并行——绑定核心方法

OpenFOAM10的并行问题
- 1.1 了解当前openmpi信息
- 1.2 尝试是否可以用apt工具安装低版本openmpi
- 2 安装低版本openmpi
- - 2.1 卸载当前版本openmpi
  - 2.2 下载旧版本openmpi-v2.1.1
  - 2.3 安装openmpi-v2.1.1
  - 2.3 配置openmpi环境变量
- 3 卸载OpenFOAM10
- 4 安装OpenFOAM10
- 5 Enjoy

OpenFOAM10的并行问题

新版本openFoam10发布，但是随之更新的openmpi-v4.0.3不能执行指定核并行

因此着手安装低版本的openmpi

1.1 了解当前openmpi信息

// 查看openmpi版本
mpirun -V

// 查看openmpi位置
whereis openmpi

// 查看openmpi软件可执行文件路径(环境变量)
which -a mpirun

which -a mpiexec

// 用dpkg工具查看openmpi信息
dpkg -l

1.2 尝试是否可以用apt工具安装低版本openmpi

apt-show-versions -a openmpi-bin
apt list -a openmpi-bin

可见只有通过其他途径来安装低版本的openmpi了。综合一些信息可知，一般在ubuntu里面安装软件的方式有以下三种：
APT方式 ，eg. apt-get install；
Dpkg方式 ，eg. dpkg -i package_name.deb；
源码安装方式 ，源码包解压缩后一般执行安装位置的确定，eg. ./configure –prefix=/opt/package_name；之后执行make –jN && echo ok；最后执行sudo make install命令。源码安装的学习推荐“详解如何用源代码安装软件，以及如何卸载它”(链接: https://yuanzhuo.bnu.edu.cn/article/677)

在本次实例中我采用源代码安装的方式安装openmpi-v2.1.1.

整体的思路是这样：1. 卸载当前版本的openmpi；2. 安装低版本openmpi；3. 卸载openfoam10；4. 安装openfoam10；5. enjoy!

2 安装低版本openmpi

2.1 卸载当前版本openmpi

卸载

sudo apt-get remove --purge openmpi-bin
sudo apt-get autoremove

通过dpkg工具查看软件是否还存在

dpkg -l

已经无法查到与openmpi相关的字眼了

2.2 下载旧版本openmpi-v2.1.1

下载路径: https://www.open-mpi.org/software/ompi/v2.1/7

将下载的压缩包openmpi-2.1.1.tar.gz置于Downloads目录下，解压缩

tar -zxvf openmpi-2.1.1.tar.gz

2.3 安装openmpi-v2.1.1

进入该解压后的目录内

cd openmpi-2.1.1/

欲将openmpi安装在/opt目录下，并且设置符号链接，执行如下命令

sudo mkdir /opt/openmpi-v2.1.1
sudo ln -sT openmpi-v2.1.1 /opt/openmpi
./configure --prefix=/opt/openmpi-v2.1.1/
make -j 4 && echo OK #下面的4代表核数

当编译完成后输出OK，若无法输出OK说明编译未通过，用make命令尝试

编译完成后执行安装命令，安装完成输出OK

sudo make -j 4 install && echo OK

检查openmpi是否安装完成，成功输出版本号，安装完成

/opt/openmpi/bin/mpirun -V

2.3 配置openmpi环境变量

打开/etc/profile在最底部添加以下环境变量

export PATH="/opt/openmpi/bin:${PATH}"
export LD_LIBRARY_PATH="/opt/openmpi/lib:${LD_LIBRARY_PATH}"

重启

sudo reboot

检测安装是否完成

3 卸载OpenFOAM10

直接删除openfoam主程序所在文件夹，$HOME/.bashrc里面的环境变量设置等都不变，除非前后两次要安装的openfoam的版本不一样。

cd $HOME/OpenFOAM
rm -rf OpenFOAM-10
rm -rf ThirdParty-10

4 安装OpenFOAM10

将ThirdParty-10-master.zip和OpenFOAM-10-master.zip源码包复制到虚拟机或者linux服务器的$HOME/OpenFOAM目录内，两个压缩包解压缩之后分别重命名ThirdParty-10和OpenFOAM-10目录。

更新OpenFOAM依赖的文件库(openfoam安装这一块说的简略是因为openfoam源码安装的方式在网上资料比较多。我最开始参考的是李东岳博士分享的帖子，之后注意到李东岳博士安装风格略有变化。庆幸的是原本的方式被很多博主所继承和发扬，还能查看到很多这方面的资料)。下面更新的库里面不包括libopenmpi-dev和openmpi-bin这两个库，请注意。

sudo apt update
sudo apt-get install -y build-essential flex bison git-core cmake zlib1g-dev libboost-system-dev libboost-thread-dev gnuplot libreadline-dev libncurses-dev libxt-dev

注意因为之前$HOME/.bashrc里面关于openfoam环境变量并没有被改变，所以只需要使之重新启动即可

source $HOME/.bashrc

重启虚拟机或者服务器。之后进入OpenFOAM-10目录编译openfoam

./Allwmake -j 4

5 Enjoy

我们总有这样那样的不足与缺点，总觉得人生艰难，做科研，做事业总是碰到这样或者那样的困难，从来没有一帆风顺，没有稀里糊涂地就成功了，只有在真正理解之后才能解决问题，但，这何尝又不是一种幸运！加油！让我们专注于分享，沿着开源与共享的互联网精神不断前进！！！

裂痕是什么——那是阳光照进来的地方。——李东岳博士

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