kegg 上ko号对应的通路数据

kegg 上ko通路数据的获取

最近一直在弄kegg的一些东西，就把心得写下来吧。
接着自己上面的文章：

ko对应K号的表的下载

得到的json文件内容部分如下：

{"name":"ko00001","children":[{"name":"09100 Metabolism","children":[{"name":"09101 Carbohydrate metabolism","children":[{"name":"00010 Glycolysis \/ Gluconeogenesis [PATH:ko00010]","children":[{"name":"K00844  HK; hexokinase [EC:2.7.1.1]"},{"name":"K12407  GCK; glucokinase [EC:2.7.1.2]"},{"name":"K00845  glk; glucokinase [EC:2.7.1.2]"},。。。。。。。

下面附上json字符串的处理python脚本。

import jsondef get_K_ko_dict(K_ko_file):K_ko_dict = {}# K_list = []with open(K_ko_file, "r")as f:K_ko_file_content = json.load(f)for children_info in K_ko_file_content.get("children"):for next_children_info in children_info.get("children"):for third_children_info in next_children_info.get("children"):name_info = third_children_info.get("name")find_pat = r":ko(.*?)]"ko_num = re.findall(find_pat, name_info)if ko_num:K_ko_dict["ko"+ko_num[0]] = []if third_children_info.get("children"):for fourth_children_info in third_children_info.get("children"):K_name = fourth_children_info.get("name").split(" ")[0]K_ko_dict["ko" + ko_num[0]].append(K_name)# K_list.append(K_name)else:un_unmber = "un" + name_info.split(" ")[0]# 因为有些通路没有只给了一个号，没有ko通路，所以暂时这么处理。K_ko_dict[un_unmber] = []if third_children_info.get("children"):for fourth_children_info in third_children_info.get("children"):K_name = fourth_children_info.get("name").split(" ")[0]K_ko_dict[un_unmber].append(K_name)# K_list.append(K_name)return K_ko_dictif __name__ == '__main__':# K_ko_file的文件路径# 例如： E:\meta\K_ko\ko00001.jsonget_K_ko_dict(K_ko_file)# 得到的部分结果如下：
{'ko00010': ['K00844', 'K12407'.......'K20118', 'K02753'],
'ko00020': ['K01647', 'K01648', 'K15230', 'K15231', 'K05942', 'K01681', 'K01682', 'K00031', 'K00030'.......
.......}

得到的结果是对应的pathway包含的K号的字典。
可以用于剩下的分析。

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ko对应K号的表的下载

下面附上json字符串的处理python脚本。

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