分子模拟 第一章 绪论（南开孙老师课程笔记）
绪论
- 1.1 分子模拟的概念
- 1.2 分子模拟研究现状
- 1.3 本课程的目标
- 1.4 课程内容
- 1.5 常用软件
- 1.6 学习要求
- 1.7 参考书
1.1 分子模拟的概念
名词理解
理论化学 theoretical chemistry
计算化学 computation chemistry
分子模拟（Molecular Modeling） 泛指用于模拟分子或分子体系性质的方法。
计算化学研究的领域：
- 预测分子结构
- 储存和搜索各种化学信息（chemical databases）
- 确定结构和活性的关系（QSPR QSAR）
- 计算辅助分子设计（催化剂 药物设计）
分子模拟过程
- 选择计算方法：量子力学或分子力学
- 计算：如能量最小化，MD或Monte Carlo模拟，构象搜索等
- 分析：计算结果的分析
分子模拟的应用
- 预测尚未合成的化合物的性质
- 更全面的了解分子的性质
- 最终目的是设计
分子模拟（计算化学）计算可以获得什么性质–基于量子化学
- 化学反应过程
- 化合物稳态结构
- 谱图验证及预测
- 分子各种性质
- 热力学分析
- 分子间相互作用
- 激发态
1.2 分子模拟研究现状
计算机的发展–硬件背景
CPU 多核技术
GPU 并行技术
计算机的发展-软件背景
研究内容
- 理论化学
- 应用计算
1.3 本课程的目标
- 了解分子模拟（主要是计算化学）的主要方法和基本概念
- 读懂相关领域的文献
- 了解常见的分子模拟软件的使用
- 掌握基本的计算化学研究思路和方法
- 了解分子模拟能干什么，我们可以作那些工作，能做到什么精度。
1.4 课程内容
1.5 常用软件
Gaussian
HyerChem Professional
NWChem
Materials Studio
SYBYL
TINKER
GROMACS
AMBER
NAMD
VASP
1.6 学习要求
- 对分子模拟领域感兴趣
- 结构化学基础和计算机应用能力
- 有计算机
- 重视基本概念和实际应用能力
1.7 参考书
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