批量nii文件转换成jpg格式


import nibabel as nib
import numpy as np
import imageio
import osdef read_niifile(niifile):  # 读取niifile文件img = nib.load(niifile)  # 下载niifile文件（其实是提取文件）img_fdata = img.get_fdata()  # 获取niifile数据img90 = np.rot90(img_fdata) #旋转90度#return img_fdatareturn img90def save_fig(file):  # 保存为图片fdata = read_niifile(file)  # 调用上面的函数，获得数据(y, x, z) = fdata.shape  # 获得数据shape信息：（长，宽，维度-切片数量）for k in range(z):silce = fdata[:, :, k]#silce = fdata[k, :, :]  # 三个位置表示三个不同角度的切片imageio.imwrite(os.path.join(savepicdir, '{}.jpg'.format(k)), silce)# 将切片信息保存为jpg格式#print(list(list_nii))
def findAllFile(base):for root, ds, fs in os.walk(base):for f in fs:yield fbase ='' # nii文件的路径
output = '' # 保存png的路径
for i in findAllFile(base):dir = os.path.join(base,i)savepicdir = (os.path.join(output,i))os.mkdir(savepicdir)save_fig(dir)

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