[R语言]RMarkdown: 入门与操作

Rmarkdown入门汇总

R Markdown介绍

RMarkdown为我们的数据分析创建一个清晰美观的报告，它能够包含代码，图，表，说明，查看的人能够很清楚地理解。

RMarkdown利用Markdown的语法，能够被方便的转成其他类型(如html或pdf)的文件。

如果要用RMarkdown，首先要下载R和RStudio。

R Markdown是通过R语言制作动态文档的文件格式。

R Markdown文档编辑需要 rmarkdown包，rmarkdown安装需要RStudio编辑器环境，但是你可以以github途径来下载rmarkdown，并安装。

devtools:install_github("rmarkdown", "rstudio")

R Markdown是资源代码丰富并高可用的文件，你可以将通过一下两种方式改变R Markdown文件格式。

knit - knit 文件. rmarkdown包调用knitr包， knitr 将运行所有的R代码，并将得到的结果追加到代码之后，这种工作方式非常节省实践并且报告也可复用。传统的，作者制作包含图形的报告。作者需要制作图形，保存为文件，然后copy并粘贴到最终的报告中，这个工作严重依赖人力，如果数据有变更，那么作者需要重复整个过程来更新图形。现在，再R Markdown的模板中，每个报告都包含制作图形，表格，数字所需的代码，作者可通过knit来自动完成更新。
convert - convert 文件。rmarkdown包借助pandoc来将文件转变成新的格式，例如，你可以转变Rmd文件成HTML, PDF, 或Microsoft Word文件，你甚至可以转变成 HTML5 或 PDF 幻灯片，rmarkdown保持文本，代码结果与Rmd文件中的结构一致。这些转变能力能让你markdown编辑，并方便的改变格式，你可以将R代码放入knit，并以任何一种格式分享个其他人。

在实际应用中，作者经常同时用knit 和 convert文档。在本文，将用render 命令来对R markdwon文件执行 knitting 和 converting过程。

你可以认为的用render作用到R Markdown 文件，如： rmarkdown::render(). 上面的代码渲染成HTML文件格式之后的结果如下图。

rmarkdown::render()，R markdown与RStudio深度合作

integrated into the RStudio IDE

，因为，你可以通过按键来完成以上命令。

R Markdown下载和文件创建

install.packages("rmarkdown")
library(rmarkdown)

下载完成后，打开RStudio，通过File -> New File -> R Markdown创建一个Rmd文件。

（也可以直接进行第二步，会自动进行安装）

R Markdown文件中的三个模块

The YAML Header

在所有RMarkdown文件中的头部都会有一个YAML头模块，利用---分隔开，包含标题，作者，日期以及文件类型。

---
title: "RMarkdown test"
author: Gremmie
date: 13/12/2022
output: html_document
---

Code Chunks

在YAML头模块后j是代码块，可以写自己的代码，相应的解释以及输出。代码块需要利用'''来进行分割，可以利用Run只跑这一段代码。这一部分的书写和R一样，只是要注意分块要根据功能来，不然会不美观。

```{r car}
summary(cars)
```

上述代码块的名字为car。除此之外，数据，文件，以及包如果要包含，也要写到代码中。

上述方法得到的最后结果代码块是会显出出来的，如果不想显示代码块，只显示结果的话可以利用echo。如果在给定变量的时候不想显示的话，可以利用include。隐藏警告可以利用warning。

```{r pressure, echo=FALSE}
plot(pressure)
```

knitr嵌入R代码

knitr包能够兼容markdown语法，尤其包含执行R代码的能力。

渲染报告的过程中， knitr 将执行代码并将输出的结果展示。可以选择性的展示：之展示代码，只展示结果，代码与结果同时展示。

想嵌入R代码在报告中，用两行```将代码包围，在第一个``` {r}, 用于通知knitr下面的将是R代码，具体模板如下：

Here's some code
```{r}
dim(iris)
```

在渲染文档的时候， knitr将运行代码并将结果追加在代码之后，knitr提供格式和语法高亮展示R代码和代码运行结果。

作为上面R代码的markdown结果：

如果不想将结果results 追加到报告中，可以将eval = FALSE 参数加入大括号中，这样做的结果就是只把代码放入报告中，而不执行。

只将结果放入报告中，参数echo = FALSE 而不显示代码：

echo = FALSE同样实用于作图：

参数echo 和 eval不仅仅用于自定义code，你可以通过 rmarkdown 和 knitr 进行学习。

行间代码

嵌入R代码到文本当中，在代码的两侧用点’来包围，如下：

Two plus two equals `r 2 + 2`.

knitr 将用代码结果代替Ｒ代码，如下图所示:

图片和表格插入

直接将plot和表格的名称写入Code Chunks即可。

其他插入表格的方式

kable

```{r kable}
library(knitr)
kable(cars, digits=2)
```

pander

```{r pander}
library(pander)
pander(cars，digits=2)
```

手动画表(一脸认真

| Plant | Temp. | Growth |
|:------|:-----:|-------:|
| A     | 20    | 0.65   |
| B     | 20    | 0.95   |
| C     | 20    | 0.15   |

文本格式

对于不同的文本格式，语法如下：

*斜体*
**粗体**
'code'
# 一级标题
## 二级标题
* 用点列举
1. 顺序列举
[Link](https://www.google.com)
$formula$

YAML 渲染参数

YAML header将决定如何展现你的 .Rmd file.文件，用两个 --- 包围，如下：

---
title: "Untitled"
author: "Gremmie"
date: "July 10, 2022"
output: html_document
---Some inline R code, `r 2 + 2`.

output: 决定最后的文件类型。

output: 选择其中一种类型的文件类型

html_document,
pdf_document,
word_document,

RStudio IDE knit更加方便的进行设置。

幻灯片：

可以将文档转换为幻灯片：

参数设定output: ioslides_presentation 创建ioslides (HTML5)幻灯片
参数设定output: beamer_presentation 创建 a beamer (PDF) 幻灯片

Note: 默认情况下RStudio编辑器中knitr没有默认选项，先在命令中修改输出类型，RStudio会输出类型加入默认选项菜单。

具体参数详见rmakdown.rstudio.com

总结

R Markdown 提供快速，可复用的报告方式，可以在markdwon中编写报告，并用knitr嵌入代码，可以随时更新代码，最终的文档可以转变成任何文件类型，

Introduction to interactive documents, 将教你如何将shiny的互动元素加入到markdown中。