illumina不愧是二代测序无冕之王

写在前面
illlumina公司自1998年成立，至2012年成为全球范围内最主要的测序平台后，illumina测序仪的产品发布也快速更迭，在2014年美国科技评论杂志MIT Technology Review 的评选结果中，illumina公司入选“2014年度全球创新企业50强”，并高居基因测序仪器公司的榜首；而在2018年的“福布斯”杂志评选的2018年全球最具创新企业百强榜单中，illumina也排名第20位，所以说，illumina正在作为一个最重要的基因测序仪器公司在引领整个生物科技公司的浪潮。

关于illumina公司，生信技能树的jimmy师兄有更加详尽和全面的见解，如下：

前些天在朋友圈看到illumina公司的海报，非常精致，完善的整理了所有基于二代测序在各种组学的应用的建库方案，我想我们生信技能树平台作为生物信息学知识普及领域的龙头应该跟他遥相呼应一下。

背景知识
illumina在NGS乃至整个测序市场中的霸主地位已毋庸置疑。引用illumina官方说法：“世界上90%以上的测序数据都由Illumina仪器产生”，不较真的话，这句话确实在某种程度上反应了illumina雄踞NGS市场的现状。尤其是HiSeq系列测序仪的问世，以通量高，产量大，生产规模著称，能够快速、经济的进行大规模平行测序，在大型全基因组测序，全转录组，全外显子组测序，靶向基因测序方面优势明显。

下面是illumina测序仪产品发布的时间线：
发布日期测序仪型号
2010.01 HiSeq 2000
2011.02 MiSeq
2012.01 HiSeq 2500
2013.11 MiSeq Dx
2014.01 HiSeq X Ten，NextSeq 500
2015.01 HiSeq X Five，HiSeq 3000，HiSeq 4000，NextSeq 550，MiSeq FGx
2016.01 MiniSeq
2017.01 NovaSeqTM系列

HiSeq 3000/4000系统则基于成熟的HiSeq 2500系统，采用创新的有序流动槽技术最大限度提高效率，3.5天内可完成12个基因组、100个转录组或180个外显子组测序。HiSeq 3000/HiSeq 4000测序系统为生产级测序能力设立了一个全新的标准。

而2014年HiSeq X Ten系统的问世完成了人类历史上一大里程碑事件——千元基因组时代的到来。HiSeq X Ten系统是由一套共10台超高通量的HiSeq X仪器组成，每年能带来超过18,000个人类基因组，而每个基因组的价格约为1000美元，让癌症和复杂疾病的研究达到新的水平。虽然目前GEO里面的数据HiSeq X Ten测序仪产出的数据并不是独占鳌头，但也只是时间问题。(还有就是关于人类的测序数据大多涉及到隐私问题，不会在GEO里面完全公开)

NovaSeq系列测序仪问世，毫无疑问标志着测序新纪元的到来，旨在将基因组测序的价格进一步降至100美元。全新的NovaSeq系列测序系统，突破技术革新，具有可扩展的通量、灵活简便的配置和简化的操作流程，允许以更大的深度来发现罕见的遗传变异，为大规模发现复杂疾病变异打开了全新的市场。NovaSeq 测序平台单次运行最多可检测48个人类基因组，产出 6Tb 的数据量，运行时间缩短至40个小时。

illumina技术核心在于桥式PCR和边合成边测序（SBS）。illumina测序系统的碱基读取也是基于化学发光法来的，给每一个碱基加入荧光基团，通过拍照捕捉发光的碱基，如此就得到了DNA的原始序列信息。

也就是说，illumina原始读取的是图像数据文件，解析后才形成碱基序列文件。对应到序列文件，其测序源文件为BCL格式文件（per-cycle BCL basecall file），BCL是一种包含碱基信号和图块质量信息的二进制文件，在进入下游分析前，BCL文件会经由Casava碱基识别(Base Calling)转化为原始测序序列（Sequenced Reads），转化得到的序列我们称之为Raw Data或Raw Reads，格式为Fastq。

测序建库技术大全

这就是本文的重点，illumina团队把现有的所有测序建库技术都收集了，相信有很多实验室都已经有了这个海报高清版，但也有部分朋友没有这个海报，但是这个的确非常重要，值得分享给大家。

请自行复制下面的百度云链接去浏览器打开并且下载，其实还有非常多的illumina广告宣传单页也是很精彩，可惜我这里并没有pdf高清版本供大家打印

链接:http://pan.baidu.com/s/1bpvZ5Sj 密码:1a1n

还是接两个图给大家看看吧
表观组学的测序建库技术：

单细胞测序建库技术：

应该是没有比这个总结的更好更全面的了。

转载自生信技能树论坛

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