.fasta文件的相关处理

在生物信息学中，FASTA格式是一种用于记录核酸序列或肽序列的文本格式，其中的核酸或氨基酸均以单个字母编码呈现。该格式同时还允许在序列之前定义名称和编写注释。这一格式最初由FASTA软件包定义，但现今已是生物信息学领域的一项标准。FASTA格式也是是BLAST组织数据的基本格式，无论是数据库还是查询序列，大多数情况都使用FASTA格式。

FASTA简明的格式降低了序列操纵和分析的难度，令序列可被文本处理工具和诸如Python、Ruby和Perl等脚本语言处理。

例如：
>ADAM_0007
AAFRGCWTKNYSPKPCL

可见，FASTA主要分成2个部分:
1.第一行是由大于号">“或分号”;“打头的任意文字说明（习惯常用”>"作为起始），用于序列标记。
2.从第二行开始为序列本身，只允许使用既定的核苷酸或氨基酸编码符号。通常核苷酸符号大小写均可，而氨基酸常用大写字母。使用时应注意有些程序对大小写有明确要求。文件每行的字母一般不应超过80个字符。

综上所述，
FASTA格式是一种很简单的文本格式，只要符合上面标准的文本文件都可以称为FASTA格式文件，但是为了和普通的.txt文本文件区分开来，FASTA文件的后缀名一般为.fa 。除此之外还有multi-FASTA格式，是FASTA格式的拓展，道理其实是一样的。

.fasta文件的相关处理相关推荐

python文本提取序列信息_从fasta文件中通过头中的ID号提取序列
accessionids.txt是否只包含四位数代码?在如果是,请将accessorID更改为:accessorID = accessorIDWithArrow[1:5] 一些方法可以让这更像Pyt ...
C#，生信软件实践（01）——DNA序列数据库FASTA文件合并工具的源代码
1 生物信息学简介生物信息学(BioInformatics)是研究生物信息的采集.处理.存储.传播,分析和解释等各方面的学科,也是随着生命科学和计算机科学的迅猛发展,生命科学和计算机科学相结合形成的 ...
java 加载dll后打包_让Jacob从当前路径读取dll文件及相关打包方法
让Jacob从当前路径读取dll文件及相关打包方法独立观察员2013.08.12 Jacob LibraryLoader.class修改版代码功能:让jacob可在当前路径下的dll文件夹内读取 ...
linux重命名tar命令,linux常用操作指令4 —— 文件操作相关命令（mkdir、touch、rm、mv、cp、cat 、 find 、tar、chmod）...
文件操作相关命令文件操作相关命令 1.创建文件夹mkdir 2.创建文件touch 3.移动文件夹mv(类似于剪切) 4.删除rm 5.重命名mv 6.复制cp 7.查看文件(cat.head.ta ...
ASP.NET跨服务器上传文件的相关解决方案
ASP.NET跨服务器上传文件的相关解决方案参考文章: (1)ASP.NET跨服务器上传文件的相关解决方案 (2)https://www.cnblogs.com/zuowj/p/3999798.ht ...
【Android 安全】DEX 加密 ( Java 工具开发 | 解压 apk 文件 | 加密生成 dex 文件 | 打包未签名 apk 文件 | 文件解压缩相关代码 )
文章目录一.解压 apk 文件二.加密生成 dex 文件三.打包未签名 apk 文件四.完整代码示例五.文件解压缩相关代码六.执行结果参考博客 : [Android 安全]DEX 加密 ...
C语言文件读写（5）-文件位置相关
C语言文件读写(5)-文件位置相关当打开一个文件以后,无论是读还是写,都有一个指示文件位置的这么一个东西,我们可以称之为文件的位置指示器或者文件位置指针,文件位置指示器指明了当前文件读或者写的位置信 ...
Linux C: 文件操作相关的系统调用
一.常见的文件操作相关的系统调用普通权限的系统调用函数说明 int access(char *pathname,int mode) 检查对某个文件的权限 int chdir(const char ...
fasta文件中DNA to RNA
同样的名为read_1.fa 的fasta文件,里面有若干序列,如: >@r1 TGAATGCGAACTCCGGGACGCTCAGTAATGTGACGATAGCTGAAAACTGTACGATAA ...

.fasta文件的相关处理

.fasta文件的相关处理相关推荐

最新文章

热门文章