零：综述

入坑了神经科学，需要处理大量EEG与FMRI等的医学图像，因此需要配置相应环境。本文详细记录了如何从一台无法开机的主机到搭建完linux环境，用fsl进行图像处理的全部过程及其所遇到部分的bug。文章内容极长，但各个章节分工明确，请读者各取所需。

一.windows10系统的安装

万丈高楼平地起，安装windows的步骤是基于本文用户在需要重装系统的假设的前提下撰写的，因此在此处无需求的读者可以略过。
重装系统大致有三个方式：电脑装系统，u盘装系统和光盘装系统。而无论是电脑，u盘还是光盘，它们的作用都是为待安装电脑提供一个新的操作系统，其本身的作用就是作为一个容器和启动盘。因此，若采用u盘方式，则步骤如下：

1.准备工作

注：在安装过程中u盘会被自动格式化，以及之后的硬盘分区步骤可能会造成数据遗失，因此强烈建议提前进行好数据备份。
硬件准备：空白U盘（8G以上）
软件准备：将win10系统下载至U盘中，微软官方提供的Windows10系统下载链接：https://www.microsoft.com/zh-cn/software-download/windows10
点击：立即下载工具

2.制作启动盘

打开下载好后的安装工具：

同意许可，然后选择为另一台电脑创建安装介质：
选择语言：中文；版本：Windows10；体系结构：64位；去掉“对这台电脑使用推荐的选项”的勾；
选择要使用的介质：U盘；

选择U盘：为此时插入的U盘；

此时软件将自动进行之后的下载工作：


下载好后的U盘文件如下，启动盘制作完成：

3.修改启动设置

在正常情况下，系统启动时会默认为硬盘启动（就是平时什么也不用做就能开机的模式），但是在重装系统时，由于需要用U盘的系统代替被重装的系统，所以设计修改启动顺序的问题，具体设置如下：

（1）进入BIOS设置

BIOS（Basic Input/Output System）是基本输入输出系统的简写,它能为电脑提供最低级最基础的硬件控制。以戴尔电脑为例，进入BIOS的方法是当开机看见戴尔图标时就连按F2键（不同品牌不同型号的进入方式可能不同，若本方法无效，请搜寻爱机的对应的进入方法）。进入后界面如下所示：

找到settings-General中的Boot Sequence，点击可得如下界面：

右上角的四个框就代表了开机时默认的启动顺序，因为此时需要用U盘内的系统来引导，因此点击选中“USB Storage Device”的白框，再点击右方的箭头，将其调整至最顶上。而硬盘启动的名称各个电脑略有不同，此处按下不表
（注意在重装系统结束后一定要把硬盘启动的顺序改回第一个，否则就会陷入开机——重装系统界面——关机——开机的死循环，因为不修改的话电脑会默认利用U盘启动）。

（2）BIOS的其他设置

部分电脑需要一些BIOS的其他设置，如关闭安全启动，做法如下：
在主目录中找到Secure Boot-Secure Boot Enable，在secure Boot栏中将默认的Enable改成Disabled，关闭安全启
将BIOS设置完后点击右下角“apply”保存设置并点击“exit”退出BIOS模式

4.进入安装

退出BIOS后，电脑将重启并进入windows10系统的安装界面：

选择中文，微软拼音后点击“下一步”:

点击“我没有秘钥”；选择“windows10专业版”；接收许可协议，点击“下一步”：

点击“自定义：“”仅安装windows”：

5.内存分配

接下来到了关键的一步，前两次重装系统失败都是栽在了这里，一次甚至直接让U盘报废（如何解决请参见附录的bug篇）。

case1：硬盘没有分区

具体表现为只显示有一个“驱动器0 未分配的空间”：

此时需要我们手动分区，分出系统盘C（C盘大小宜大于128GB）和其他盘，点击“新建”：

点击“确定”，分区将变更为如下所示：

其中第一行的“系统保留”为自动生成；“驱动器0 分区2”为刚才分好的盘，可以看到它的类型为“主分区”（作为C盘）；第三行的“未分配空间”将作为其他盘的内存空间，如果嫌一个D盘不够，也可以选中未分配空间，按照刚才的流程继续新建一个盘。
全部分完后点击“下一步”
如果遇见左下角提醒“无法在驱动器0的分区1上安装windows”，请转至附录：bug篇

case2：硬盘分区已经存在

存在的分区是旧系统中的设置，因此需要把之前的系统盘和数据全部清除，因此一定要提前做好数据备份

选中“分区2”，点击：格式化：

点击“确定”，“下一步”，成功将“分区2”格式化，然后点击格式化旁边的“删除”选项，删除该分区。
将所有分区全部格式化并删除后，显示如下：

此时转到case1设置即可

6.正在安装

当分配完内存并点击了下一步后，显示如下界面，重装系统就基本上完成了：

若在“正在准备要安装的文件”这个步骤中出现“windows无法安装所需的文件，请确保安装所需的所有文件可用，并重新启动安装”的报错提示，请参见附录：bug篇

7.尾声

当上图的所有步骤自动执行完成时，电脑将自动重启（千万别忘了之前提到的将BIOS开机顺序调整回来的步骤，不然就得等着一遍一遍安装了（西西弗的系统:西西弗触犯了众神，诸神为了惩罚他，便让他重装Windows系统，但由于他忘记调回BIOS中开机启动项的顺序了，因此每每重启后就又回到安装界面，于是他就不断重复、永无止境地做这件事——诸神认为再也没有比进行这种无效的劳动更严厉的惩罚了。西西弗的生命就这样在一件无效又无尽的劳作中慢慢消耗殆尽。)），重启完成后若显示如下，则windows10系统重装成功，赶快开香槟庆祝吧：

剩下的就是区域，键盘等的初始化设置，此处就不往细里展开了。

二.虚拟机VirtualBox 6.1.4的安装

为了能够在window10系统中运行linux系统，我们首先需要安装虚拟机软件VirtualBox，它能在当前系统上构建出一台虚拟的电脑，在这台虚拟且相对独立的环境中安装软件和系统。具体安装步骤如下：

1.准备工作

首先下载：
（1）virtualbox 主程序：https://www.virtualbox.org/wiki/Downloads
打开后找到并点击“windows hosts”，开始下载。

（2）virtualbox 拓展程序：网址同上，点击“All supported platforms”，开始下载。

（3）virtubox GuestAdditions插件，提供其他辅助功能。点击链接自动下载：http://download.virtualbox.org/virtualbox/6.1.4/VBoxGuestAdditions_6.1.4.iso
三样下载完后如下：

2.安装

（1）主程序安装：virtual box-6.1.4-136177-win

双击图标打开：

点击“下一步”，选择安装位置（不建议放入C盘），点击“下一步”：

全部勾选，点击“下一步”：

出现“警告：网络界面 安装virtualbox网络功能将重置网络连接并暂时中断网络连接”，选择“是”；
点击安装；

安装完成后出现：

点击完成即可，打开后界面如下：

（2）拓展程序安装：VirtualBox_Extension_Pack

首先在虚拟机界面内找到“管理-全局设定”：

点击“拓展”
点击右边的“+”号：

找到刚才下载好的“Oracle_VM_VirtualBox_Extension_Pack-6.1.4”文件（图标是绿色的小盒子），点击“打开”：

点击“安装”：

下滑完并同意许可，安装完毕：

至于第三个文件Virtualbox GuestAdditions 的作用是提高分辨率，共享文件等功能，需要在安装完ubuntu系统之后再安装，因此此时直接跳转到安装ubuntu系统的步骤上。

三.ubuntu 20.04系统的安装

1.准备工作

Ubuntu是Linux的发行版。在Linux中，发行版是以Linux内核为基础的操作系统版本。因为fsl必须在linux的环境下安装，因此我们需要在虚拟机中安装一个ubuntu系统。
首先需要下载一个ubuntu系统（20.04）：https://cn.ubuntu.com/download/desktop
进入后点击”下载”：

2.初始化配置

下载结束后就可以在虚拟机内安装ubuntu了，但在这之前需要进行初始化设置，点击“新建”：

名称：随便；
文件夹位置：随便；
类型：Linux；
版本：Ubuntu（64-bit）（看你下的是32bit还是64bit了）
点击“下一步”：

内存大小：我设置为了10GB

新建虚拟电脑：“现在创建虚拟硬盘”：

虚拟硬盘文件类型：“VDI”：

创建虚拟硬盘：“动态分配”：

文件位置和大小：应和上头的设置在一个根目录下
虚拟硬盘大小：视需求而定
点击“创建”：

3.安装

初始化配置成功后的界面如下，现在正式进入ubuntu系统的安装，点击“启动”：

点击右边的文件夹图标：

点击“注册”：

选择启动盘（就是刚才下载的Ubuntu文件）

点击“打开”
点击“启动”：

选择“Try or Installl Ubuntu”：

现在正式进入到了ubuntu的安装界面：
选择：中文；安装Ubuntu：

选择“正常安装”：

安装类型：“清除整个磁盘并安装Ubuntu”，点击“现在安装”：

点击“继续”：

点击地图中的中国，并继续：
（如果由于分辨率的原因，屏幕上无法显示后退和继续那行选项，就使用键盘的“Tab”键框选到“继续”，分辨率的问题由virtual安装时的第三个插件virtubox GuestAdditions来解决，此处暂时按下不表）

创建姓名，密码：

进入安装界面，等待安装即可：

安装完成后，注销并重新登入。

4.分辨率问题（插件Virtualbox GuestAdditions 的安装）

至此，我们为虚拟机安装好了Ubuntu系统，现在可以尽情使用linux系统了，界面如下；
但是当我们想要放大界面时就会发现ubuntu的界面依旧还是这么大，这需要第三个插件来解决：

首先回到虚拟机软件的界面，找到“设置”并点击：

点击“存储”-“没有盘片”-分配光驱右边的光盘图标：
选择“choose a disk”：

选择刚才下载的“VBoxGuestAdditions_6.1.4”光盘：

点击“OK”：

回到Ubuntu界面，左下角可以发现一个光盘样图标，点开：

找到“autorun.sh”文件，右键单击，选择“作为程序运行”：

程序运行完成后，在命令框输入return退出程序，现在放大就可以让linux系统充满屏幕了：

至此，ubuntu的安装工作全部完成，开启你的探索吧。

四.windows与ubuntu的交互设置

当使用VirtualBox的Ubuntu虚拟机时，我们有时希望实现Windows和Ubuntu两个系统之间文件的交互。

1.Ubuntu和Windows文件双向拖放的实现

首先在virtualbox启动界面中找到“设置-常规-高级”，选择共享粘贴板和拖放为“双向”：

然后进入Ubuntu系统，点击菜单栏的“设备-安装增强功能”，安装好后点击任意键返回即可：

关闭虚拟机，打开左上角的”设置“，点击“存储”，将控制器SATA-勾选"使用主机输入输出(I/O)缓存"，再同样在存储-控制器SATA-点击“***.vdi”-勾选"固态驱动器"，之后重启虚拟机即可。

此时主机与虚拟机的剪贴板将会同步，可以从Windows拖文件到Ubuntu，也可以从Ubuntu拖文件到Windows了。

2.Ubuntu和Windows设置共享文件夹

在Ubuntu系统关闭的情况下点击virtualbox的“设置”，
点击“共享文件夹”；
点击右边“+”号添加共享文件夹的路径

填写路径和名称，点击“ok”

然后打开ubuntu系统，挂载共享文件夹，具体如下:
打开终端（ctrl+alt+T），输入:

mkdir share         ##新建一个叫share的文件夹
ls -ld share    ##检查是否建好

需要注意主机文件夹与挂载文件夹的名称不能相同。若建好，显示如下：

最后，将share挂载到Ubuntu里，输入：

sudo mount -t vboxsf Share share_dir

大功告成。
但麻烦的是这一方法每次linux开关机后都需要重新设置。

五.fsl的安装

1.fsl是什么？

fsl（FMRIB’s Software Library ）是英国牛津大学教授Stephen Smith 开发的软件库，用于医学图像中的CT，结构MRI，功能MRI（任务态或静息态），扩散MRI等数据的预处理和分析。
fsl支持的环境有：Linux，基于Windows虚拟机的Linux

2.fsl的安装

（1）fsl安装脚本的下载

下载链接：https://fsl.fmrib.ox.ac.uk/fsldownloads_registration
附fsl官网链接，其上有很多fsl使用和说明的教程：https://fsl.fmrib.ox.ac.uk/fsl/fslwiki/
打开下载链接后，同意许可并填写如下信息：

点击“register”后，点击下载FSL 6.0.5.1版本

下载好后的文件为一个python写成的脚本“fslinstaller.py”，长这样：

（2）.python2的下载

该脚本是用Python2写的，而Ubuntu 22.04没有安装Python2。因此需要先安装Python2，如下：

sudo apt install python2

若遇到报错：“软件包python没有可安装候选”，请参考附录：Bug篇
Python2安装好后可开始用下载的.py文件安装FSL（默认安装路径 /usr/local），因此需要最高权限：

sudo su
输入密码：
cd ~/Downloads          ##（fslinstaller.py的所在目录）
python2 fslinstaller.py

输入最后一行后，命令行会显示fsl应该下载在哪里：

这一步极其重要，因为即是输入一个错误的目录，下载依旧会进行，但是要等到下载结束安装时才会报错，考虑到下载耗时极长，因此建议地址选择为图中提示的默认目录：“/usr/local/fsl”，将/usr/local/fsl输入至命令行中，下载开始，等待FSL安装结束即可。
这一步耗时极长（文件大小接近20G），且需要保证网络通畅稳定，否则中途有可能下载失败。
值得一提的是，如果我们在一台电脑上已经下好了FSL的文件，可以直接将其直接发送至待安装电脑的"/usr/local/fsl"路径中，然后进行（3），（4）步骤也完全可以，这将节省大量的时间，此方法亲测有效。

（3）.配置环境变量

安装好后，需要进行环境变量的配置。在终端输入：

sudo gedit /etc/profile

会自动弹出一个文件，在打开的文件的最后加入以下内容，保存并关闭文件：

export PATH=$PATH：/usr/local/fsl/bin
export FSLDIR=/usr/local/fsl

接着，在终端输入：

sudo gedit /etc/bash.bashrc

同样， 在打开的文件的最后加入以下内容，保存并关闭文件：

FSLDIR=/usr/local/fsl
. ${FSLDIR}/etc/fslconf/fsl.sh
PATH=${FSLDIR}/bin:${PATH}
export FSLDIR PATH

（4）.尾声

此时fsl就已经安装完成了。在终端输入“fsl”（注意：设置完以后需要重启linux系统，否则即使成功终端也会显示没有fsl），若出现如下画面，则安装成功：

此时需要注意：安装成功不代表所有fsl的语句都可以运行，以“fslreorient2std”命令为例，当我们输入该命令处理文件时，可能会报错如下，如何处理请参见附录：bug篇：

至于后续的数据处理我会再开一个博客专门去写，敬请关注。

正文完，非科班出身，因此语言组织不很严谨，欢迎交流指正。

附.bug篇

一些遇到的bug（秃头）：

1.windows重装系统的某个步骤失败，重启时显示“No Boot device found.Press any key to reboot the machine”？

参考：http://www.dnxtc.net/zixun/zhuangjijiaocheng/2019-01-26/3471.html
这个bug是我第一次分区失败，重启电脑后遇到的，
如图所示：

点击任意键后电脑重启，依旧显示这个画面。后来经过摸索，发现由于分区失败致使U盘启动盘的文件损坏，造成了开机时U盘启动和硬盘启动都无法进行开机这个动作，因此需要重做启动盘。重新制作后bug得到解决。

2.windows重装系统失败，致使U盘报废，插入到其他电脑上不显示内存条？

参见：http://www.ujiaoshou.com/upanjc/jiaocheng/30663.html
1.把U盘插入其他电脑上，右键点击“此电脑”，选择“管理”
2.在“计算机管理”界面，点击“存储”，“磁盘管理”，在右侧找到U盘的存储空间（根据U盘大小），此时显示U盘为未分配状态
3.右击未分配U盘，选择"新建简单卷“，弹出窗口点击：“下一步“
4.在“新建简单卷导向”页面调整“简单卷大小”（即最后能恢复的U盘的内存值，一般设置为最大值），点击“下一步”
5.为U盘选择盘符（用哪个大写字母表示U盘），点击“下一步”
6.如图设置，点击“下一步”

7.完美解决，U盘光彩如新。

3.分配内存地址时显示“无法在驱动器0的分区1上安装windows”？

参见：https://www.jianshu.com/p/e747d9cb3153
如图所示：

错误原因：
Win10系统均添加快速启动功能，预装的Win10电脑默认都是UEFI引导和GPT硬盘，传统的引导方式为Legacy引导和MBR硬盘，UEFI必须跟GPT对应，同理Legacy必须跟MBR对应。如果BIOS开启UEFI，而硬盘分区表格式为MBR则无法安装；BIOS关闭UEFI而硬盘分区表格式为GPT也是无法安装Windows。
解决方法：
1.在当前安装界面按住Shift+F10调出命令提示符窗口；
2.输入diskpart，按回车执行；
3.进入DISKPART命令模式，输入list disk回车，列出当前磁盘信息；
4.要转换磁盘0格式，则输入select disk 0回车，输入clean，删除磁盘分区；
5.输入convert mbr，回车，将磁盘转换为MBR，输入convert gpt则转为GPT；
6.最后输入exit回车退出命令提示符，返回安装界面继续安装系统。
7.然后点击新建磁盘就可以安装驱动。

4.windows重装系统时，出现“windows无法安装所需的文件，请确保安装所需的所有文件可用，并重新启动安装”？

出现这个报错提示，很大的可能是U盘启动盘中的问题，请检查
（1）BIOS开机顺序中是否将U盘启动盘设置为第一优先级
（2）U盘是否插好（很多bug就是这样的诡异，当我把U盘从主机前边的USB接口插到后头的接口，然后又运行了一遍重装系统的程序时，这个报错就自己消失了。后来用的时候发现，原来是主机前边的USB接口接触不良导致的安装失败）
（3）启动盘文件是否正常且完整

5.windows重装系统后，磁盘显示需要将其格式化后才能使用？

打开I盘后报错：

此时点击“格式化磁盘”，并设置如下：

容量选项：根据重装系统时的分区大小默认设置；文件系统：4G以下选用AFT32，大于4G选用NTFS或者exFAT（兼容性：FAT32≈NTFS>exFAT）；分配单元大小：选择文件系统后自动生成，一般无需修改。点击开始，磁盘就能够正常打开和使用了。

6.软件包python没有可安装候选？

参考：https://blog.csdn.net/yinhangbin/article/details/125248857
尝试更换软件源服务器后没能解决，利用如下代码成功解决：

sudo add-apt-repository universe
sudo apt update
sudo apt install python2

很多教程在执行这一步时的代码是“sudo apt install python”，因此提示没有可安装候选。但实际上应该为“sudo apt install python2”，于是成功安装python2

7.virtualbox安装增强功能时提示“未能加载虚拟光盘”？

当点击“安装增强功能”后出现：

解决方法：弹出现有的光盘：

再点击“设备 - 安装增强功能”后，点击“运行光盘” 时恢复正常

8.virtualbox网速很慢怎么办？

将网络适配器由NAT改为“桥接模式"。
参考：https://blog.csdn.net/qq_39043771/article/details/105033707?spm=1001.2014.3001.5506

8.fsl执行命令，提示“error while loading shared libraries: libquadmath.so.0: cannot open shared object file: No such file or directory”？

参考：https://www.cnblogs.com/codingmengmeng/p/7456539.html
这个bug的原理非常简单：linux系统一般只在/lib和/usr/lib这两个目录下寻找库文件，而安装包安装时，lib文件一般会在别的目录下；因此当程序需要链接库时，就会提示找不到相关的库。也就是说，需要将安装包库文件的目录加入到共享库的配置文件中。
具体如下：
搜索“libquadmath.so.0”（不一定叫这名字，视具体bug而定）所在的路径（在我的电脑中，这个路径是"/usr/local/fsl/fslpython/lib"）,然后在终端进入root模式：

sudo su

将该目录加入到共享库的配置文件中：

echo "/usr/local/lib" >> /etc/ld.so.conf
ldconfig

显示：

运行结束后输入“exit”退出root模式

此时测试“fslreorient2std”，完美运行！

参考文献：

1.https://zhuanlan.zhihu.com/p/93127323
2.https://blog.csdn.net/qq_45373920/article/details/122409002
3.https://zhuanlan.zhihu.com/p/111567471
4.https://blog.csdn.net/qq_45269105/article/details/122580856?spm=1001.2014.3001.5506
5.https://blog.csdn.net/jumpingpig/article/details/104109395?spm=1001.2014.3001.5506
6.https://blog.csdn.net/jumpingpig/article/details/104109113
7.https://blog.csdn.net/wanxuexiang/article/details/84574660#:~:text=%E4%B8%80%E8%88%AC%E6%88%91%E4%BB%AC%E5%9C%A8Linux%E4%B8%8B%E6%89%A7%E8%A1%8C%E6%9F%90%E4%BA%9B%E5%A4%96%E9%83%A8%E7%A8%8B%E5%BA%8F%E7%9A%84%E6%97%B6%E5%80%99%E5%8F%AF%E8%83%BD%E4%BC%9A%E6%8F%90%E7%A4%BA%E6%89%BE%E4%B8%8D%E5%88%B0%E5%85%B1%E4%BA%AB%E5%BA%93%E7%9A%84%E9%94%99%E8%AF%AF%2C%20%E6%AF%94%E5%A6%82%EF%BC%9A%20error%20while%20loading%20shared,libraries%20XXX%20%E5%8E%9F%E5%9B%A0%E4%B8%80%E8%88%AC%E6%9C%89%E4%B8%A4%E4%B8%AA%2C%20%E4%B8%80%E4%B8%AA%E6%98%AF%E6%93%8D%E4%BD%9C%E7%B3%BB%E7%BB%9F%E9%87%8C%E7%A1%AE%E5%AE%9E%E6%B2%A1%E6%9C%89%E5%8C%85%E5%90%AB%E8%AF%A5%E5%85%B1%E4%BA%AB%E5%BA%93%20%28lib%2A.so.%2A%E6%96%87%E4%BB%B6%29%E6%88%96%E8%80%85%E5%85%B1%E4%BA%AB%E5%BA%93%E7%89%88%E6%9C%AC%E4%B8%8D%E5%AF%B9%2C%20%E9%81%87%E5%88%B0%E8%BF%99%E7%A7%8D%E6%83%85%E5%86%B5%E9%82%A3%E5%B0%B1%E5%8E%BB%E7%BD%91%E4%B8%8A%E4%B8%8B%E8%BD%BD%E5%B9%B6%E5%AE%89%E8%A3%85%E4%B8%8A%E5%8D%B3%E5%8F%AF%E3%80%82

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