转录组入门(4):了解参考基因组及基因注释
转录组入门(4):了解参考基因组及基因注释
在UCSC下载hg19参考基因组,我博客有详细说明,从gencode数据库下载基因注释文件,并且用IGV去查看你感兴趣的基因的结构,比如TP53,KRAS,EGFR等等。
作业,截图几个基因的IGV可视化结构!还可以下载ENSEMBL,NCBI的gtf,也导入IGV看看,截图基因结构。了解IGV常识
准备工作
参考基因组
测序得到的是几百bp的短read, 相当于把拼图打散了给你。如果没有参考基因组,从头(de novo)组装等于是重走人类基因组计划的老路,也就是打散了拼图,却不告诉你原来是什么样子,那么任务将会及其艰巨。
还好人类基因组已经组装好了,我们只需要把我们测得序列回贴(mapping)回去,毕竟人与人之间的差距只有不到1%差异, 允许mismatch就行。
因此第一步就是要去UCSC(http://genome.ucsc.edu/index.html)下载hg19参考基因组(文献要求)
不同文件的所包含的数据在该页面有介绍,其中
chromFa.tar.gz - The assembly sequence in one file per chromosome.Repeats from RepeatMasker and Tandem Repeats Finder (with period of 12 or less) are shown in lower case; non-repeating sequence is shown in upper case.
我将数据存放在Windows的F盘的Data文件夹下,用于后续操作
cd /mnt/f/Data
mkdir reference && cd reference
mkdir -p genome/hg19 && cd genome/hg19
nohup wget http://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/hg19/bigZips/chromFa.tar.gz &
tar -zvf chromFa.tar.gz
cat *.fa > hg19.fa
rm chr*
下面的内容是Jimmy在【直播】我的基因组(五):测试数据及参考基因组的准备关于参考基因组的介绍
这个对新手来说,是一个很大的坑,hg19、GRCH37、 ensembl 75这3种基因组版本应该是大家见得比较多的了,国际通用的人类参考基因组,其实他们储存的是同样的fasta序列,只是分别对应着三种国际生物信息学数据库资源收集存储单位,即NCBI,UCSC及ENSEMBL各自发布的基因组信息而已。有一些参考基因组比较小众,存储的序列也不一样,比如BGI做的炎黄基因组,还有DNA双螺旋结构提出者沃森(Watson)的基因组,还有2016年发表在nature上面的号称最完善的韩国人做的基因组。前期我们先不考虑这些小众基因组,主要就下载hg19和hg38,都是UCSC提供的,虽然hg38相比hg19来说,做了很多改进,优点也不少,但因为目前为止很多注释信息都是针对于hg19的坐标系统来的,我们就都下载了,正好自己探究一下。也顺便下载一个小鼠的最新版参考基因组吧,反正比对也就是睡个觉的功夫,顺便分析一下结果,看看比对率是不是很低。
吐槽: Jimmy大神的博客排版真的是非常考验我们对知识的渴望,每当看到他的排版的时候,我必须得忍住不去点击浏览器右上角。为了求知,我忍了。
注释信息
然而参考基因组是一部无字天书,要想解读书中的内容,需要额外的注释信息协助。
因此第二步,就是去gencode数据库(http://www.gencodegenes.org/)下载基因组注释文件。
看了下面这个图,我才明白Jimmy为什么会吐槽基因组各种版本对应关系了。
又到了GTF还是GFF3的抉择时刻,简单介绍了一下他们的格式
GTF(General Transfer Format)其实就是GFF2,以Tab分割,分为如下几列
- seqname - name of the chromosome or scaffold; chromosome names can be given with or without the 'chr' prefix. Important note: the seqname must be one used within Ensembl, i.e. a standard chromosome name or an Ensembl identifier such as a scaffold ID, without any additional content such as species or assembly. See the example GFF output below.
- source - name of the program that generated this feature, or the data source (database or project name)
- feature - feature type name, e.g. Gene, Variation, Similarity
- start - Start position of the feature, with sequence numbering starting at 1.
- end - End position of the feature, with sequence numbering starting at 1.
- score - A floating point value.
- strand - defined as + (forward) or - (reverse).
- frame - One of '0', '1' or '2'. '0' indicates that the first base of the feature is the first base of a codon, '1' that the second base is the first base of a codon, and so on..
- attribute - A semicolon-separated list of tag-value pairs, providing additional information about each feature.
而GFF3(General Feature Format)的格式如下
- seqid - name of the chromosome or scaffold; chromosome names can be given with or without the 'chr' prefix. Important note: the seq ID must be one used within Ensembl, i.e. a standard chromosome name or an Ensembl identifier such as a scaffold ID, without any additional content such as species or assembly. See the example GFF output below.
- source - name of the program that generated this feature, or the data source (database or project name)
- type - type of feature. Must be a term or accession from the SOFA sequence ontology
- start - Start position of the feature, with sequence numbering starting at 1.
- end - End position of the feature, with sequence numbering starting at 1.
- score - A floating point value.
- strand - defined as + (forward) or - (reverse).
- phase - One of '0', '1' or '2'. '0' indicates that the first base of the feature is the first base of a codon, '1' that the second base is the first base of a codon, and so on..
- attributes - A semicolon-separated list of tag-value pairs, providing additional information about each feature. Some of these tags are predefined, e.g. ID, Name, Alias, Parent - see the GFF documentation for more details.
看不出来有啥区别,不想纠结就全下载好了。
nohup wget ftp://ftp.sanger.ac.uk/pub/gencode/Gencode_human/release_26/GRCh37_mapping/gencode.v26lift37.annotation.gtf.gz &
nohuop wget ftp://ftp.sanger.ac.uk/pub/gencode/Gencode_human/release_26/GRCh37_mapping/gencode.v26lift37.annotation.gff3.gz &
我们对文字的理解能力远远小于图片,所以下一步需要下载基因组浏览器
IGV, Integrative Genomics Viewer
下载地址为: http://software.broadinstitute.org/software/igv/download
Windows下载如下版本, 会自带一个java运行环境
双击igv.bat, 就会出现运行界面。
通过genome -> Load Genome From Files加载之前得到基因组文件。
进一步,还需要加载gff基因注释文件,File -> Load From Files
显示未排序出错,可以使用Tool -> Run igvtools,进行排序。
之后就可以重新加载排序后的gtf文件进行操作。生信宝典写过一篇文章介绍测序数据可视化(http://mp.weixin.qq.com/s/Q7pqycmQH58xU6hw_LECWA) 我也在看文档摸索中,先放上基因截图
下面这张图是来自于几个月前Jimmy对高通量测序的理解,提供数据的截图
转录组入门(4):了解参考基因组及基因注释相关推荐
- linux基因组文件,转录组入门(四):了解参考基因组及基因注释
转录组入门(4):了解参考基因组及基因注释 任务列表 1.在UCSC下载hg19参考基因组: 2.从gencode数据库下载基因注释文件,并且用IGV去查看感兴趣的基因的结构,比如TP53,KRAS, ...
- NGS基础 - 参考基因组和基因注释文件
参考基因组和基因注释文件获取 通常测序生成的reads要与参考基因组或参考转录组进行比对,或Pseudo-alignment.所以首先需要获取参考基因组和参考转录组信息. Ensembl(http:/ ...
- linux基因组文件,科学网-NGS基础 - 参考基因组和基因注释文件-陈同的博文
NGS基础 - 参考基因组和基因注释文件 同步滚动:关 参考基因组和基因注释文件获取 通常测序生成的reads要与参考基因组或参考转录组进行比对,或Pseudo-alignment.所以首先需要获取参 ...
- RNA-seq(2):下载参考基因组及基因注释,及测序数据-学习笔记
今天学习了如题的一些操作.但是并不算成功.本来打算做到quality control,结果大部分时间卡在了下载测序数据上. 参考网站: 下载参考基因组及基因注释) 1.安装ASPERA 1)wget ...
- linux转录组kegg注释,转录组入门(8):差异基因结果注释
作业要求 我们统一选择p<0.05而且abs(log2FC)大于1的基因为显著差异表达基因集,对这个基因集用R包做KEGG/GO超几何分布检验分析. 然后把表达矩阵和分组信息分别作出cls和gc ...
- 文献RNA-seq复现第2期——sra数据转换、参考基因组及注释信息的准备
前期学习了通过文章获取了RNA测序数据,具体参考往期文献RNA-seq复现第1期--文献中mRNA测序数据的获取.值得注意的是,下载测序数据通常是.sra格式文件(如下SRR3589956 - SRR ...
- 宏基因组实战4. 基因注释Prokka
前情提要 如果您在学习本教程中存在困难,可能因为缺少背景知识,建议先阅读本系统前期文章 宏基因组分析理论教程 微生物组入门圣经+宏基因组分析实操课程 1背景知识-Shell入门与本地blast实战 2 ...
- cellranger 操作笔记-2:构建绵羊单细胞转录组参考基因组
参考10X官方教程:Find the input files -Software -Single Cell Gene Expression -Official 10x Genomics Support ...
- Nature综述:2万字带你系统入门鸟枪法宏基因组实验和分析
NBT:鸟枪法宏基因组-从取样到数据分析 Shotgun metagenomics, from sampling to analysis Nature Biotechnology [IF:31.864 ...
- 转录组入门(5): 序列比对
欢迎来GitHub上fork,一起进步: https://github.com/xuzhougeng 比对软件很多,首先大家去收集一下,因为我们是带大家入门,请统一用hisat2,并且搞懂它的用法. ...
最新文章
- 6.1.2.6 盒子
- Spring5源码 - 10 Spring事件监听机制_应用篇
- TF之LiR:利用TF自定义一个线性分类器LiR对乳腺癌肿瘤数据集进行二分类预测(良/恶性)
- 本网站的幻灯片浏览很好看,不懂谁有这代码?
- 小余学调度:学习记录2021.8月
- leetcode 850. Rectangle Area II | 850. 矩形面积 II(递归分割未重叠矩形)
- php中的自定义函数与c语言有什么区别,php与c语言的不同点是什么?
- MediaPlayer 的prepareAsync called in state 8 错误
- Vuex原来可以这样上手
- java线程中的死锁_Java多线程中的死锁 - Break易站
- python 多线程Thread
- End-to-end目标检测算法的学习笔记
- iis 回收工作进程时出错的解决办法
- ftp用的是tcp还是udp_TCP与UDP的区别究竟在哪
- OwinStartupAttribute
- axure 原型图 基础知识介绍
- 平面设计素材| 文字排版 堆砌素材
- 基岩版服务器开启坐标显示,mc基岩版怎么看坐标 mc基岩版如何看坐标
- WebADI_WebADI常用代码bne_integrator_utils
- c语言 派生,继承和派生
热门文章
- 2021年应届生面试题(一文到底)
- Java开发工程师大厂面试常见问题总结(应届生版)
- linux下 OOB 炸弹的制作
- 如何在 R 中计算 Eta 平方
- 数据结构之顺序表(Java实现)
- React Native布局实践:开发京东客户端首页(四)——首页功能按钮及控件封装
- 医疗器械A类B类C类物料区分
- 单片机c语言编写音乐播放器,51单片机c语言编写电子琴+音乐播放器.doc.doc
- 关于oneway void
- configure: error: Your system does not support systemd