Java逐行读取fasta文件

Fasta文件是生物信息领域储存核酸和氨基酸序列最常用的文件格式之一。其基本形式由带“>”的序列注释标签和单个字母表示的核酸或者氨基酸组成。

在利用Rosalind学习java生物信息编程时，经常需要读取fasta文件。之前读取此类文件，采用的是读取后转化为字符串形式进行输出和后继处理，读取fasta文件的原代码如下：

 //定义方法，输入文本文件路径，以字符串类型返回文本内容public static String readFileContent(String fileName) {File file = new File(fileName);BufferedReader reader = null;StringBuffer sbf = new StringBuffer();try {reader = new BufferedReader(new FileReader(file));String tempStr;while ((tempStr = reader.readLine()) != null) {sbf.append(tempStr);}reader.close();return sbf.toString();} catch (IOException e) {e.printStackTrace();} finally {if (reader != null) {try {reader.close();} catch (IOException e1) {e1.printStackTrace();}}}return sbf.toString();}

调用上述子方法后fasta文件能够变为字符串变量并存储于内存中，但是开头的注释信息和序列信息都会变成统一的字符串形式，难舍难分。还需要额外创建子方法来去掉注释信息，相当麻烦。因此代码需要进一步改进：

此处我们采用ArrayList集合，调用BufferedReader对fasta进行逐行读取。读取之后利用正则表达式匹配">"开头的注释标签行，存储到ArrayList fasta中。而注释标签行存储到ArrayList tag中。

//改进后读取fasta文件代码
import java.io.BufferedReader;
import java.io.FileReader;
import java.io.IOException;
import java.util.ArrayList;public class readline_txt_method {public static void main(String[] args) {ArrayList<String> fasta = BufferedReader("C:/Users/Administrator/Desktop/sequence.fasta","tag");//设置返回值是标签名称还是碱基序列。for (int i = 0; i < fasta.size(); i++) {System.out.println(fasta.get(i));//按照索引输出集合元素，从0位开始。}}public static ArrayList<String> BufferedReader(String path,String choose) {//返回值类型是新建集合大类，此处是Set而非哈希。BufferedReader reader;ArrayList<String> tag = new java.util.ArrayList<String>();ArrayList<String> fasta = new java.util.ArrayList<String>();try {reader = new BufferedReader(new FileReader(path));String line = reader.readLine();while (line != null) {//多次匹配带有“>”的行，\w代表0—9A—Z_a—z，需要转义。\W代表非0—9A—Z_a—z。if (line.matches(">[\\w*|\\W*]*")){tag.add(line);}else{fasta.add(line);}// read next lineline = reader.readLine();}reader.close();} catch (IOException e) {e.printStackTrace();}if (choose.equals("tag")){return tag;}return fasta;}
}

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