Ubuntu 下安装AMBER10/AmberTools 1.2
1 准备工作 1.1 1.2 1.3 1.4 cd $AMBERHOME 上面是Amber10的 wget http://ambermd.org/bugfixes/AmberTools/1.2/bugfix.all -o bugfix.all_at_1.2 上面是AmberTools 1.2的 2 编译AmberTools 1.2 2.1 编译 ./configure_at gcc 输出大概是(括号中的汉字是我的注释): Testing the C compiler: Obtaining the C++ compiler version: Testing the g77 compiler: Testing the gfortran compiler: Testing flex: Configuring netcdf; (may be time-consuming) NETCDF configure succeeded. The configuration file, config.h, was successfully created. The next step is to type 'make -f Makefile_at' 照上面说的: 修改文件/src/gleap/mortsrc/common/fortran.cpp,在头上加入 #include <cstdio> 再次编译就可以通过了 2.2 测试 测试之前要手动修改一个小bug: 再进入test目录, 就会运行一系列任务,如测试成功(计算结果与源码包中的一致)屏幕会显示“PASSED”,象这样: ============================================================== 如果出现错误,会提前终止测试,比如: cd antechamber/tp && ./Run.tp 这种情况要进入相应目录,查看Run.XXX文件,直接在命令行一步步执行,通过输出结果找出出错原因。 如果输出中有“FAILED"字样,也不用着急,多数情况计算结果出入不大,这时AMBER有形如下面的提示: FAILED (OK if gyration radius is about 7 or 8) 即如果你计算的结果在7和8之间都算正常 测试结束后在test目录下可能会多出一个 TEST_FAILURES.diff 文件,AMBER认为这些结果可能不对(possible FAILURE),不过似乎基本上出入很小,因为AMBER仅用dacdiff进行结果比较,无法分辨由于舍入误差引起的不同。 可以用grep命令查看“出错”的情况: 3 编译串行版(serial)Amber10 3.1 编译 3.2 测试 possible FAILURE: check gcg.dip.o.dif 打开生成的TEST_FAILURES.diff文件检查,上述四个结果也没有错误,其中第二个(mdout.jar.dif)结果为: 根据提示继续测试: |
转载于:https://www.cnblogs.com/greencolor/archive/2010/10/26/1861926.html
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