生物信息学笔记02 -- 研究的一般方法
生物信息学概述
以基因组DNA序列信息为源头，识别基因组序列中代表蛋白质和RNA基因的编码区，阐明非编码区的信息特征，破译隐藏在DNA序列中的遗传语言规律
生物信息学研究的内容与方法
研究主要内容
⚫ 生物学数据的收集、存储、管理与提供
⚫ 基因组序列信息的提取和分析
⚫ 功能基因组相关信息分析
⚫ 生物大分子结构模拟和药物设计
⚫ 生物信息分析的技术与方法研究
⚫ 生物信息学方法的应用研究
一般方法
⚫ 确立研究的生物学体系。例如：特定脑血管疾病的发生和发展；蛋白质三级结构与功能；
⚫ 确定研究的问题。是否需要实验的支持？之前哪些计算方面的相关工作？
⚫ 构建生物学/数学模型，例如：蛋白质功能预测，构建模型->序列结构区域特定的功能氨基酸。
⚫ 计算方法的选择：KNN，HMM，SVM，CNN，ANN等。
⚫ 计算结果分析，构建相应的计算工具/数据库/软件/在线网站，并与同类工具做比较。
⚫ 计算工具的应用。有哪些用处？用户的反馈？
基于数据挖掘、模拟分析、机器学习
- 统计方法：外在数量表现推断事物可能的规律性
- 搜集数据（采样、实验设计）
- 分析数据（建模、知识发现）
- 推理（预测分类）
- 回归分析
- 多元回归
- 自回归
- 判别分析
- 线性判别分析
- 非线性判别分析
- 聚类分析
- 系统聚类分析
- 动态聚类分析
- 探索性分析
- 主元分析
- 相关性分析
聚类分析：对象的集合分组为由类似的对象组成的多个类的分析过程
线性判别分析LDA：监督学习的降维技术，即它的数据集的每个样本是有类别输出的
给定训练样例集样例投影到一条直线上 -> 同类样例的投影点尽可能接
近
“投影后类内方差最小，类间方差最大”
机器学习：通过执行某种过程而改进它的性能
有监督学习：问题需要答案，模型让碰到原始数据的时候贴近标准答案
分类：针对离散变量
回归：针对连续变量
应用：查找某两个指标之间的关联性
无监督学习：答案不存在或不易定义。让机器自动去发掘原有数据中间的一些特别特征或结构
聚类：样本根据某个特征分成若干群体
降维：多特征数据找寻并去除冗余性
应用：脑电信号的分析，上百组转换成十几组时序信号
深度学习 无监督学习的一种
模仿人脑神经网络的结构和某些工作机制，利用大量的神经元连成网络来实现大规模并行计算
序列分析中的主要算法
模式识别、学习算法 – 结构、功能的基于知识预测
——判别分析方法
——人工神经网络算法
——随机过程方法(HMM)
——语言学(形式语法)
——演化、遗传算法
聚类算法 – 生物大分子分类
——层次聚类算法
——模糊聚类算法
——快速动态聚类算法
——神经网络方法
系统水平
✓ 1.静态研究：路径计算、二元关系和演绎…（离散数学方法）
✓ 2.动态研究：微分方程组、Petri网模型…（网络的时间依赖演化）
难点
- 蛋白质折叠 – 氨基酸序列？ 氨基酸序列预测蛋白质天然的三维结构，然而氨基酸序列并不包含结构的全部信息
- 物种重建 – DNA序列？ 根据全基因组序列构建生物体的功能系统，然而基因组只是细胞中分子之间相互作用的整个网络中的一部分，可能并不包含其它的重要信息
生物信息学笔记02 -- 研究的一般方法相关推荐
- 计算机网络自顶向下方法笔记02
<计算机网络自顶向下方法>学习笔记02:运输层. 运输层介于应用层与网络层之间,为应用层提供了直接的通信服务.在应用层时已经介绍了两种运输层协议UDP和TCP,本章主要介绍这两个协议和运输 ...
- 推荐系统实践读书笔记-02利用用户行为数据
推荐系统实践读书笔记-02利用用户行为数据 为了让推荐结果符合用户口味,我们需要深入了解用户.如何才能了解一个人呢?<论语·公冶长>中说"听其言,观其行",也就是说可以 ...
- 大数据之路读书笔记-02日志采集
大数据之路读书笔记-02日志采集 数据采集作为阿里大数据系统体系的第 环尤为重要.因此阿里巴巴建立了一套标准的数据采集体系方案,致力全面.高性能.规范地完成海量数据的采集,并将其传输到大数据平台.本章 ...
- MySQL技术内幕-InnoDB存储引擎第2版-学习笔记-02
MySQL技术内幕-InnoDB存储引擎第2版-学习笔记-02 6. 锁 人们认为行级锁总会增加开销.实际上,只有当实现本身会增加开销时,行级锁才会增加开销.InnoDB 存储引擎不需要锁升级,因 ...
- Spring-学习笔记02【程序间耦合】
Java后端 学习路线 笔记汇总表[黑马程序员] Spring-学习笔记01[Spring框架简介][day01] Spring-学习笔记02[程序间耦合] Spring-学习笔记03[Spring的 ...
- MyBatis-学习笔记02【02.Mybatis入门案例】
Java后端 学习路线 笔记汇总表[黑马程序员] MyBatis-学习笔记01[01.Mybatis课程介绍及环境搭建][day01] MyBatis-学习笔记02[02.Mybatis入门案例] M ...
- JavaWeb黑马旅游网-学习笔记02【注册功能】
Java后端 学习路线 笔记汇总表[黑马程序员] JavaWeb黑马旅游网-学习笔记01[准备工作] JavaWeb黑马旅游网-学习笔记02[注册功能] JavaWeb黑马旅游网-学习笔记03[登陆和 ...
- JQuery-学习笔记02【基础——JQuery选择器】
Java后端 学习路线 笔记汇总表[黑马程序员] JQuery-学习笔记01[基础--JQuery基础]--[day01] JQuery-学习笔记02[基础--JQuery选择器] JQuery-学习 ...
- Filter和Listener-学习笔记02【Filter细节】
Java后端 学习路线 笔记汇总表[黑马程序员] Filter和Listener-学习笔记01[Filter快速入门] Filter和Listener-学习笔记02[Filter细节] Filter和 ...
最新文章
- python删除字典中性别为男_python初学者，用python3实现基本的学生管理系统代码实例...
- 科大星云诗社动态20210602
- 由铁路订票系统联想到的
- python学习教程（链接）
- 悲观锁和乐观锁_悲观锁和乐观锁处理并发操作
- 三星台式机计算机编号怎么看,三星笔记本如何查看型号
- spring boot redis分布式锁
- java 解析 xml中的冒号_Java jdom解析xml文件带冒号的属性
- HR人事管理系统软件有哪些？如何选择HR人事管理软件？
- 5G无线技术基础自学系列 | 5G组网方式
- 下一代半导体表面清洁技术
- 一文让你读懂什么是智慧数字经营
- 赛效：WPS文字(Word)插入图片后如何移动图片
- 反弹shell,报错 ambiguous redirect
- 网页服务器修复,网页被劫持，跳转发布网修复方法 看完就明白
- C++ 语法 const限定符
- 怎样将计算机引入计算教学中,计算教学学习心得
- 安卓应用加固壳判断java厂商_Android APK加固（加壳）工具
- 磁盘阵列技术RAID
- 牧牛区块链培训，区块链对社会生产的五大好处