处理vcf文本设计多态性indel标记--GATK、vcf

1.下载GTAK并解压

下载GATK的安装包。

参考链接：Releases · broadinstitute/gatk (github.com)

注意解压指令是unzip。没有需要安装

unzip gatk-4.2.0.0.zip -d /home/zxx/workplace/

2. 配置GATK的环境变量

编辑环境变量

sudo vi ~/.bashrc

export PATH=/home/zxx/workplace/gatk:$PATH

linux下vim编辑退出命令

编辑完保存退出的四种方式

1. Esc+：+wq+回车（w是write,q是quit）

2. Esc+：+x+回车（x=wq）

3. Esc+shift+zz

4. Esc+ZZ(在大写开启下)

下载miniconda 用于创建所需的python虚拟环境

wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-4.7.12.1-Linux-x86

_64.sh

bash 创建

vim里面 /root/miniconda3/bin添加conda的环境变量

刷新变量环境 source ~/.bashrc

vcf文件拆分（SNP和Indel）

gatk SplitVcfs -I test.vcf -INDEL_OUTPUT indel1.vcf -SNP_OUTPUT snp1.vcf

vcf文件排序报错（heap space）待解决？√已解决

gatk SortVcf -I test.vcf -O indel1_sorted.vcf(溢出报错)

直接用python脚本启动不行

所以改用jar包来启动

java -Xms128m -Xmx1024m -jar gatk-package-4.3.0.0-local.jar SortVcf -I indel1.vcf -O indel1_sorted.vcf

2023年2月23日 00:46:20

想要过滤出大于10bp的indel变异位点

gatk SelectVariants -V indel1.vcf --min-indel-size 10 -O out1.vcf

（\）反斜杠发现可以在命令行中实现换行

gatk SelectVariants -V out2.vcf -select "AF > 0.3" --exclude-filtered true -O out3.vcf

其余的好像已经过滤过了

不知道过滤的参数条件

待考证

——————————————

解决pip install报错:setup command: use_2to3 is invalid

通过查询，发现是因为setuptools在58.0.0版本中发生了一个重大的版本变更（Breaking Changes），移除了2to3的支持，因此，如果你的setuptools大于58.0.0，就会因为setuptools不再支持use_2to3，而引发本文的报错：

因此安装低于58.0.0下面的版本即可，这里安装的是低于58.0.4的最新版本——57.5.0：

pip install setuptools==57.5.0

——————————————————————————————————

2023年3月21日 11:56:12

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