R-forestplot包| HR结果绘制森林图

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上一篇简单的介绍了COX生存分析结果绘制森林图Forest plot（森林图） | Cox生存分析可视化，本文将介绍根据数据集合的基本信息以及点估计值（置信区间区间）的结果直接绘制森林图的方法。

其中点估计值（置信区间）的结果可以是COX也可以是logistic回归等其他方法的结果，适用范围更广。

一准备数据

#载入R包
library(forestplot)
#数据来源：https://www.r-bloggers.com/forest-plot-with-horizontal-bands/
data <- read.csv("ForestPlotData.csv", stringsAsFactors=FALSE)
#查看数据
head(data)

二绘制森林图

2.1 简单森林图

对数据进行部分修改，方便行名和列名字输出

## 构建tabletext，更改列名称，展示更多信息
np <- ifelse(!is.na(data$Count), paste(data$Count," (",data$Percent,")",sep=""), NA)## The rest of the columns in the table.
tabletext <- cbind(c("Subgroup","\n",data$Variable),c("No. of Patients (%)","\n",np),c("4-Yr Cum. Event Rate\n PCI","\n",data$PCI.Group),c("4-Yr Cum. Event Rate\n Medical Therapy","\n",data$Medical.Therapy.Group),c("P Value","\n",data$P.Value))
##绘制森林图
forestplot(labeltext=tabletext, graph.pos=3,mean=c(NA,NA,data$Point.Estimate),lower=c(NA,NA,data$Low), upper=c(NA,NA,data$High),boxsize=0.5)

如上图所示基本信息OK了，但是可以在以下几个方面进行优化：

添加线条，区分Subgroup
更改箱线图的宽度，颜色和大小
更改字体大小，更易区分
添加标题和横坐标轴标示

2.2 优化森林图

## 定义亚组，方便后面线条区分
subgps <- c(4,5,8,9,12,13,16,17,20,21,24,25,28,29,32,33)
data$Variable[subgps] <- paste("  ",data$Variable[subgps])forestplot(labeltext=tabletext,graph.pos=3, #为Pvalue箱线图所在的位置mean=c(NA,NA,data$Point.Estimate),lower=c(NA,NA,data$Low), upper=c(NA,NA,data$High),#定义标题title="Hazard Ratio Plot",##定义x轴xlab="    <---PCI Better---   ---Medical Therapy Better--->",##根据亚组的位置，设置线型，宽度造成“区块感”hrzl_lines=list("3" = gpar(lwd=1, col="#99999922"),"7" = gpar(lwd=60, lineend="butt", columns=c(2:6), col="#99999922"),"15" = gpar(lwd=60, lineend="butt", columns=c(2:6), col="#99999922"),"23" = gpar(lwd=60, lineend="butt", columns=c(2:6), col="#99999922"),"31" = gpar(lwd=60, lineend="butt", columns=c(2:6), col="#99999922")),#fpTxtGp函数中的cex参数设置各个组件的大小txt_gp=fpTxtGp(label=gpar(cex=1.25),ticks=gpar(cex=1.1),xlab=gpar(cex = 1.2),title=gpar(cex = 1.2)),##fpColors函数设置颜色col=fpColors(box="#1c61b6", lines="#1c61b6", zero = "gray50"),#箱线图中基准线的位置zero=1,cex=0.9, lineheight = "auto",colgap=unit(8,"mm"),#箱子大小，线的宽度lwd.ci=2, boxsize=0.5,#箱线图两端添加小竖线，高度ci.vertices=TRUE, ci.vertices.height = 0.4)

如此即绘制完成了，颜色，大小，间隔等需要根据实际情况进行调整。

参考链接：https://www.r-bloggers.com/forest-plot-with-horizontal-bands/

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