在Jupyter notebook中使用R

虽然R也有notebook,但是用起来感觉没有Jupyter notebook方便???而且R notebook中的图片总是无法显示,修改了输出设置也没有图片显示。之后再看看是哪里出了问题。

Jupyter notebook在默认情况下只有python内核,现在要使Jupyter notebook里支持R内核。
Step1: 在R中安装工具:

# 可以直接安装
install.packages("IRkernel")# 或者通过github
devtools::install_github("IRkernel/IRkernel")

没有devtools的,install.packages("devtools")安装devtools。

Step2: 安装IRkernel:

# 在当前用户下安装
IRkernel::installspec()# 或者在系统中安装
IRkernel::installspec(user = FALSE)

如果这一步之后返回以下提示:

# 在当前用户下安装
[InstallKernelSpec] Installed kernelspec ir in C:\Users\user\AppData\Roaming\jupyter\kernels\ir

或者

# 在系统中安装
[InstallKernelSpec] Installed kernelspec ir in C:\ProgramData\jupyter\kernels\ir

说明安装成功了,打开jupyter notebook发现可以成功支持R了,如下:

至此就成功了。

疑难解答

但事实永远不会这么顺利,在安装IRkernel的时候就可能会出现各种问题导致安装失败,比如会提醒你:cannot … the installaion of “XXX” (一个包的名字),诸如此类的Error。
这个时候它提示你哪个包出问题你就重新安装哪个包,安装完之后继续Step 1中的代码。循环几次,直到所有的依存包都没有问题了,就可以安装上IRkernel了。

接下来,在执行IRkernel::installspec()可能比较麻烦:
通常会报错:

Error in IRkernel::installspec() : jupyter-client has to be installed but “jupyter kernelspec --version” exited with code 1.

这里汇总一下可以解决上述问题的方法:

方法一 不要使用Rstudio执行这一步,按以下操作:

  • 如果是通过anaconda安装的Jupyter,先确保把 Anaconda\Lib\site-packages\jupyter_client以及Anaconda3\Scripts添加到系统变量PATH中。

  • 打开cmd或者Anaconda Prompt,如果已经在系统变量中添加了R的安装路径,直接键入R。如果没有添加系统变量,需要先进入R的安装路径,比如:

cd C:\Program Files\R\R-4.0.1\bin
  • 然后在命令行中敲R进入R。

  • 最后输入IRkernel::installspec()

以cmd为例,Anaconda Prompt类似,具体操作界面大概是这个样子:

方法二 如果以上的都行不通,可以用这种方法。找到原生R,右键,选择”以管理员身份运行“,在console中直接输入IRkernel::installspec()或者IRkernel::installspec(user = FALSE),如下

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