磁共振图像处理流程，基于北师大DPARSF

致谢

这个博主的内容更为详细，需要的同学自取

简介

实验室做脑机接口方向，脑电为主，磁共振呢，属于实验室内部的鸡肋方向，我就是那个倒霉蛋。北师大严老师等人做的DPARSF是真的方便友好，B站和官网还有免费的中英文教程，也可以使用SPM。上面贴出来的链接，里面的具体步骤更为详细，我刚开始写博客，目的就是分享一些自己的经验，分享一些我发现过的好东西，让其他同学可以少走弯路。不当简陋之处，多多包涵。

安装

matlab2018b，据说是最适配的？
SPM8
DPARSF_V2.3_130615
REST_v1.8
这几个包都是matlab的包，那这些文件全部添加进matlab工作路径即可。

推荐一个核磁图像转换工具：MRIConvert。为什么推荐？相比dcm2nii，这个工具在做原始DICOM转换时，会生成一个包涵各种扫描参数的txt。这些参数在dparsf里面很重要，我拿到的数据是实验室和医院合作的自采数据，我师兄给我数据时，告诉我一个的参数，后来发现他记错了，我做完结果发现与文献差异巨大，回过头检查时，用MRIConvert处理一个被试数据发现此问题，因此有了这篇文章。

端水环节：我师兄对我很好，是真的很好，只是数据时代久远，记错了。

使用

准备流程：

新建文件夹（注意名字要为全英文从analysis01开始）
建子文件夹 FunImg(I不是L的小写，是i的大写，注意！)
建子文件夹命名sub_001 （数字与上级文件夹对应，若有多个被试，则依次命名为sub_002、sub_003等）
将转换成功的数据拷入sub_001（以上述SE3的数据为例，应该是成对的数据），若有多个被试数据，分别拷入相应建立的sub_子文件中。

工具箱界面

参数详解

working directory（工作路径）：定位到数据整理格式的analysisX。
Participants（被试）：选择analysisX/FunImg/sub001。
Time Points/TR（s）：扫描时间点/扫描时间，如8min/2s=240个时间点。
EPI DICOM to NIFTI：调用dcm2nii把DICOM转换成NIFTI。
Remove Frist [ ] Time Points：移除前[ ]时间点。
Slice Timing（切片时序）：核磁数据是隔层扫描，这里是矫正回去。
Slice Number：扫描的所有层。
Slice Order：扫描层的顺序。
Reference Slice：扫描的中间层，用作参考层。
Realign：头动校正，评价结果在\analysisX\RealignParameter
Normalize：默认即可。
Normalize by using：标准化模板，默认。
Delete files before normalization：默认。
Smooth（平滑）：默认。
Detrend（去线性漂移）：主要是一些噪声。
Filter：滤波。
Default mask：默认。
ReHo：计算ReHo。
ALFF+fALFF：低频滤波。
Extract ROI time courses：提取ROI时间序列。
Define ROI：定义ROI。
Functional Connectivity（功能连接）：计算功能连接。
Extract AAL time courses（90 regions）：提取AAL时间序列（90个脑区）。
Help：一些帮助提示。
Save：保存当前设置，方便下次调用。
Load：调用已有的设置。
Utilities：一些其他功能。
Quit：退出。
Run：开始处理。

预处理

根据自己的需要和数据的实际情况填写上述参数，具体步骤可以参考我在文章开头给出的链接，后面我可能会考略出一个详解。