R编程笔记2

简介

突出特点：

【多领域的统计资源】目前在R网站上约有2400个程序包，涵盖了基础统计学、社会学、经济学、生态学、空 间分析、系统发冇分析、生物信息学等诸多方而。

【免费】

缺点:

【占用内存】所有的数据处理在内存中进行，不适于处理超大规模的数据。

【运行速度稍慢】即时编译，约相当于C语言的1/20。

CRAN :

全称 The Comprehensive R Archive Networks

由世界几十个镜像网站组成网络.提供F载安装程序和相向软件包。0镜像更新频率一般为天。推荐镜像： 中国的镜像:数学所：即时更新的CRAN源：界而下如下(版本)

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R Console

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R 程序包(R packages)

什么是R程序包

R程序包是多个函数的集合，具有详细的说明和示例。每个程序包包含R函数、数据、帮助文件、描述 文件等window下是zip形式，安装时不要解压缩，R程序包是R功能扩展，特定的分析功能，需要用相 应的程序包实现。例如：系统发冇分析，常用到ape程序包，群落生态学vegan包等。

4.2常用R程序包

ade4 adephylo ape

利用欧几里得方法进行生态学数据分析 系统进化数据挖掘与比较方法

系统发育与进化分析

apTreeshape boot cluster ecodist

FD

进化树分析

Bootstrap 检验

聚类分析

生态学数据相异性分析 功能多样性分析

geiger物种形成速率f j进化分析

Graphics lattice栅格图

绘图

maptools

空间对象的读取和处理

mgev mvpart nlme ouch pgirmess phangorn picante

广义加性模型相关

多变量分解

线性及非线性混合效应模型 系统发弃比较 生态学数据分析

系统发育分析

群落系统发育多样性分析

raster ffi格数据分析与处理 seqinrDNA序列分析

sp空间数据处理

^￡RAN Task View^BayesianBayesian InferenceCbemPhvsCbemoinetiks and Computational Physic*

^￡RAN Task View^

Bayesian

Bayesian Inference

CbemPhvs

Cbemoinetiks and Computational Physic*

Clmxairnals

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