使用freesurfer和3Dslicer进行脑区分割和电极定点(日常记录)
一、前期准备
Linux系统安装Freesurfer、MATLAB插件spm12、fieldtrip,Windows下载mricron、Slicer3D(需要插件SlicerFreeSurfer)软件
文件准备
- ct 和mri t1 文件,格式为dicom,需要转换为 nii 格式(可在spm中转换)
- edf 文件,包含脑电的所有数据
- 电极位置图,手术计划
二、Ubantu下进行脑区分割
准备工作
1、安装好matlab和freesurfer
2、在目标位置创建文件夹
3、开放权限
4、将需要计算的nii文件放入文件夹
使用matlab进行计算
需要提前下载好fieldtrip并解压,设置路径(包括全部子文件夹)
1、打开mri_cut.m文件,修改位置subject00x(代码可参考fieldtrip官网)
2、运行程序
3、acpc定位,键盘输入a定位AC,输入p定位PC,输入q完成定位
生成文件
最终生成freesurfer文件夹和两个另外的nii文件
将这些文件拷贝下来就可以到Windows系统里进行配准和定点了
三、配准(Windows操作)
在matlab中打开spm,选择fMRI后界面如下
配准选择(Est & Res)
导入两个数据(nii),ref选择MRI(MR-acpc),source选择CT
![在这里插入图片描述](https://img-blog.csdnimg.cn/49f5e5bfcff1499a8bcac63b312eae98.png
完成后点击运行
完成后会在文件夹里生成一个rs的nii文件
在mricron软件中打开rs文件看是否配准,这样就是完成啦
如果在配准过程出现如下情况,就是距离原点太远
需要手动选择original,一个一个看
这个图像的原点在头颅内部
这个不在内部,需要手动调整
三、电极定点(Windows操作)
软件:3D slicer,matlab
模型生成
使用slicer4.11的软件,记得要添加SlicerFreeSurfer插件
- 文件导入slicer中
(1)分割的freesurfer文件夹下的 aparc+aseg.mgz
(2)生成的MR_acpc文件
(3)配准的rs 文件
导入后生成可视化图
调整透明度和需要显示的区域,这里显示的是左脑皮层部分
电极定位
三视图放大,按照电极位置进行定位,需要手动定两个点,一个最里面的一个最外面的
调整一下rs文件的阈值,电极点可以显示出黑色圆圈,方便定点
最里面的电极点需要三个视图都在中心,最外面的电极点可以定在颅骨上,按照电极名称修改电极点名称。
全部电极标记完成后,保存整个文件夹为slicer0后关闭软件。
计算电极位置(自动定点)
打开matlab,运行cclt_coordinate_v2.m程序(需要设置路径,jsonlab-master)
按照手术计划表写电极名称和电极点数量
生成了.mrk.json文件
打开修改里面的括号和crtl+F 替换数字(1→1.0)
替换slicer文件夹里相应的json文件
再打开3Dslicer即完成了电极定点
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