再肝一个R包！一行代码绘制精美火山图！
一行代码绘制火山图的R包诞生了！在过去的一年中，师兄先后生信绘图系列和高分SCI复现系列中更新了多种不同的火山图的绘制方法，包括普通的火山图、渐变火山图、以及包含GO通路信息的火山图！但是很多小伙伴反应，代码太难，看不懂，套在自己的数据上总是出错！于是这么为粉丝着想的师兄，又肝了一个晚上，将之前的代码整理封装成了现在的R包 –
ggVolcano.有了它，大家只需要安装载入后，就可以实现一行代码绘制火山图了，而且该包还配备和很多可供调节的参数，方便大家进行个性化设置，如：修改颜色，描边，散点大小等等！
为了方便大家更好的使用，师兄也对这个R包的重要函数和参数做了很清晰的说明！希望大家多多点赞、在看支持！点赞越多，师兄的生产就越快哈！开发更好的工具，帮助大家实现更加精美的可视化效果！
ggVolcano简介
ggVolcano的目标是帮助用户更轻松地制作出漂亮的火山图，该包主要配置了三个函数：
- 普通火山图：
ggvolcano - 渐变色火山图：
gradual_volcano - GO通路火山图：
term_volcano
附上师兄的github链接，有兴趣探索学习源码的可以参考：https://github.com/BioSenior/ggVolcano
安装
# install.packages("devtools")
devtools::install_github("BioSenior/ggVolcano")
使用ggvolcano函数制作一张普通的火山图。
基础用法
- 确保你有一个包含差异表达基因信息的DEG结果数据（数据需要包括：GeneName、Log2FC、pValue、FDR）。
- 如果你的数据没有名为 "regulate "的列，你可以使用
add_regulate函数来添加，使用方法如下。 - 使用函数
ggvolcano来制作一般的火山图。你可以使用?ggvolcano来查看该函数的参数。
library(ggVolcano)## basic example code
# load the data
data(deg_data)# use the function -- add_regulate to add a regulate column
# to the DEG result data.
data <- add_regulate(deg_data, log2FC_name = "log2FoldChange",fdr_name = "padj",log2FC = 1, fdr = 0.05)# plot
ggvolcano(data, x = "log2FoldChange", y = "padj",label = "row", label_number = 10, output = FALSE)
- 你必须将
x和y参数设置为你数据中的相对应的列名。- 如果你想在这些点上添加标签，请将
label参数设置为您数据中相应的列名。此外label_number参数可以调整显示的标签数量。（按照FDR值从小到大排序，选择前label_number个基因）。
修改散点的颜色和描边
# Change the fill and color manually:
p1 <- ggvolcano(data, x = "log2FoldChange", y = "padj",fills = c("#e94234","#b4b4d8","#269846"),colors = c("#e94234","#b4b4d8","#269846"),label = "row", label_number = 10, output = FALSE)p2 <- ggvolcano(data, x = "log2FoldChange", y = "padj",label = "row", label_number = 10, output = FALSE)+ggsci::scale_color_aaas()+ggsci::scale_fill_aaas()
#> Scale for 'colour' is already present. Adding another scale for 'colour', which
#> will replace the existing scale.
#> Scale for 'fill' is already present. Adding another scale for 'fill', which
#> will replace the existing scale.library(patchwork)
p1|p2
使用gradual_volcano函数来制作一个渐变色火山图。
基础用法
- 确保你有一个包含差异表达基因信息的DEG结果数据（数据需要包括：GeneName、Log2FC、pValue、FDR）。
- 如果你的数据没有名为 "regulate "的列，你可以使用
add_regulate函数来添加，使用方法如下。 - 使用函数
gradual_volcano来制作一般的火山图。你可以使用?gradual_volcano来查看该函数的参数。
# plot
gradual_volcano(deg_data, x = "log2FoldChange", y = "padj",label = "row", label_number = 10, output = FALSE)
修改散点的颜色和描边
library(RColorBrewer)# Change the fill and color manually:
p1 <- gradual_volcano(data, x = "log2FoldChange", y = "padj",fills = brewer.pal(5, "RdYlBu"),colors = brewer.pal(8, "RdYlBu"),label = "row", label_number = 10, output = FALSE)p2 <- gradual_volcano(data, x = "log2FoldChange", y = "padj",label = "row", label_number = 10, output = FALSE)+ggsci::scale_color_gsea()+ggsci::scale_fill_gsea()
#> Scale for 'colour' is already present. Adding another scale for 'colour', which
#> will replace the existing scale.
#> Scale for 'fill' is already present. Adding another scale for 'fill', which
#> will replace the existing scale.library(patchwork)
p1|p2
- 如果你想调整点的大小范围，你可以使用
pointSizeRange = c(min_size, max_size)。其中min_size, max_size代表散点的最小尺寸和最大尺寸。
使用term_volcano函数来绘制GO通路相关火山图。
基本用法
- 确保你有一个包含差异表达基因信息的DEG结果数据（数据需要包括：GeneName、Log2FC、pValue、FDR）。
- 除了DEG结果数据，你还需要一个通路数据，这是一个包含一些基因的GO通路信息的两列数据框。
- 如果你的数据没有名为 "regulate "的列，你可以使用
add_regulate函数来添加，使用方法如下。 - 使用函数
term_Volcano来制作GO通路相关火山图。你可以使用?term_Volcano来查看该函数的参数。
data("term_data")# plot
term_volcano(deg_data, term_data,x = "log2FoldChange", y = "padj",label = "row", label_number = 10, output = FALSE)
修改散点颜色和描边
library(RColorBrewer)# Change the fill and color manually:
deg_point_fill <- brewer.pal(5, "RdYlBu")
names(deg_point_fill) <- unique(term_data$term)term_volcano(data, term_data,x = "log2FoldChange", y = "padj",normal_point_color = "#75aadb",deg_point_fill = deg_point_fill,deg_point_color = "grey",legend_background_fill = "#deeffc",label = "row", label_number = 10, output = FALSE)
以上就是本期的全部内容啦！欢迎点赞，点在看！师兄会尽快更新哦！制作不易，你的打赏将成为师兄继续更新的十足动力！
最后再附上师兄的github链接，有兴趣探索学习源码的可以参考：https://github.com/BioSenior/ggGantt
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生信常用分析图形绘制02 – 解锁火山图真谛！
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