samtools直接查看bam文件
SAM和BAM是序列比对之后常用的输出格式,比如tophat输出BAM格式,bowtie和bwa等都采用了SAM格式。BAM格式其实就是SAM格式的二进制格式,占用存储空间更小。samtools由中国学者开发,专门用于sam/bam格式文件的各种操作。
1)查看BAM/SAM格式文件
samtools view [‐bhuHS] [‐t in.refList] [‐o output] [‐f reqFlag] [‐F skipFlag] [‐q minMapQ] [‐l library] [‐r read‐Group] <in.bam>|<in.sam>
-b 以BAM格式输出,可以用于samtools的后续分析-u 以未压缩的BAM格式输出,可以节约时间,一般在管道执行时使用-h 在结果中包含头header-H 只输出k开头
samtools view -h 文件名 |less -S
参考网页 http://www.htslib.org/doc/samtools.html
http://www.htslib.org/doc/samools-view.html
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